请教VASP计算的坐标系重建

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-18 09:24:14

请教大家：
最近看文献，看到作者计算过渡金属氧化物采用了非默认的坐标系，如图所示，黑色，把坐标原点由默认的（图中蓝色）角上移到了体心。我试着把计算文件POSCAR按照新坐标体系做了修改，然后提交计算，就各种出错了。不知道要怎么做到这一点？请教大家！是不是VASP不能改坐标体系呢？如果不行，用其他什么软件呢？作者用了个偏门的CRYSTAL，要付费，找都不好找。拜托了！

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-19 09:38:53

自己顶一下，没人理我啊！

乘风万里 · 发表于 Post on 2022-7-19 13:13:07

VASP可以任意指定晶胞，只要你设好3个晶胞基矢，以及晶胞中每个原子的分数坐标（或笛卡尔坐标），就可以计算。你检查下是不是自己的POSCAR文件有问题，原子写重了什么的。

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-20 09:39:01

乘风万里发表于 2022-7-19 13:13
VASP可以任意指定晶胞，只要你设好3个晶胞基矢，以及晶胞中每个原子的分数坐标（或笛卡尔坐标），就可以计 ...

谢谢楼上。我知道VASP可以任意指定晶胞，我的目的是改变晶胞基矢，我需要移动坐标原点到体心，而不是六面体的顶点上。
如果可以自定义晶胞基矢，您可以告诉我怎么做吗？

乘风万里 · 发表于 Post on 2022-7-20 23:03:47

本帖最后由乘风万里于 2022-7-20 23:06 编辑

lora2021 发表于 2022-7-20 09:39
谢谢楼上。我知道VASP可以任意指定晶胞，我的目的是改变晶胞基矢，我需要移动坐标原点到体心，而不是六面 ...

使用VESTA，点Edit->Edit data->Unit Cell->Transform。坐标原点换成体心的话，就把Origin shift p从 (0,0,0) 改成 (0.5,0.5,0.5)。设新基矢的话，就调下Rotation matrix P，具体怎么求，都在上面详细写了。

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-21 09:07:06

哦，原来这样啊，是可以转换的啊，那就是我手动转换做的POSCAR不对了，太好了，非常感谢，马上就试一下！

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-21 10:56:41

乘风万里发表于 2022-7-20 23:03
使用VESTA，点Edit->Edit data->Unit Cell->Transform。坐标原点换成体心的话，就把Origin shift p从 (0, ...

你好，非常感谢您给出了方法。我试了一下，坐标一重建，晶胞扩大了好多，然后提交计算后反复出错：
internal error in VASP: SETUP_PRIMITIVE_CELL, Could not associate all atoms to
their respective cells.
不论如何修改都不行，增加参数，啥的都试了，不行。
所以我想还是这个操作出了问题，您有过经验吗？该怎么处理啊？

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-21 10:57:14

我用的就是原胞primitive来做坐标轴变换的呢

12342234 · 发表于 Post on 2022-7-21 11:03:41

请教一下您这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-21 11:16:06

我又试了一下，改完的晶胞不大了，还是提示出错，增加了一个描述：Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode = 16 2 16
晕死

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-21 11:29:18

貌似解决了，换了个IALGO=48，嘿嘿，多谢啦

乘风万里 · 发表于 Post on 2022-7-21 12:33:46

本帖最后由乘风万里于 2022-7-21 12:36 编辑

lora2021 发表于 2022-7-21 11:16
我又试了一下，改完的晶胞不大了，还是提示出错，增加了一个描述：Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Re ...

基矢设的合适的话，总的体积是不变的，如果体积变化，VESTA会提示的。

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-22 09:46:43

乘风万里发表于 2022-7-21 12:33
基矢设的合适的话，总的体积是不变的，如果体积变化，VESTA会提示的。

谢谢您！我今天发现昨天用的VESTA有问题，做出来的晶胞原子数多了4个，今天重新用了一个VESTA，做出来的新胞原子数和原来一样，然后体积是有增大，因为新的基矢是原先基矢的对角线，就是增大了1.414倍，这样子，体积也就相应增大了。我提交了计算，一切正常，没有任何提示错误了，嘿嘿。就是请教您一下，这个体积增大对计算结果有什么影响吗？

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-22 09:48:20

如果写在论文里面，坐标转换肯定是要交代清楚的，但新构成的晶胞需要也放进文章里吗？您的经验是如何？

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-22 10:19:17

12342234 发表于 2022-7-21 11:03
请教一下您这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

计算复杂结构的化学成键，须得这样做，不然算出来的PDOS就是错的

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