求助：蛋白小分子动力学模拟能量最小化后小分子键连在一起了怎么解决？

jimking · 发表于 Post on 2022-7-23 21:26:24

各位老师，我用gromacs做蛋白小分子动力学模拟时小分子发生了诡异的变化。
能量最小化之前：

能量最小化之后变成了这样：

能量最小化参数：

em.gro小分子

动力学模拟使用的是amber14sb_parmbsc1.ff力场。小分子拓扑文件是使用ORCA + Multiwfn + sobtop获得的。

后面做nvt平衡时出现了这个报错：

这种键连在一起的是什么原因呢？有没有什么样的办法可以解决呢？

麻烦各位老师指导。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-24 02:04:13

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

仔细检查小分子的itp，特别是和C=O那部分有关的力场项和参数

这种分子强烈不建议用DRIH。直接用GAFF就完了，否则二面角可旋转性都无法体现

jimking · 发表于 Post on 2022-7-24 12:33:36

sobereva 发表于 2022-7-24 02:04
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

仔细检查小分子的itp，特别是和C=O那部分有关的力场项和参数

谢谢sob老师，我去试试

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[GROMACS] 求助：蛋白小分子动力学模拟能量最小化后小分子键连在一起了怎么解决？