求助：CGenFF处理小分子时报错

maxwellzhang · 发表于 Post on 2022-8-20 08:50:01

现在尝试做小分子的charmm力场，mol2文件中有2个小分子，然后上传.mol2文件到CGenFF官网报错（Now processing molecule Molecule ...attype warning: carbon radical, carbocation or carbanion not supported; skipped molecule.），不知道如何处理,望大佬指点迷津

laoman · 发表于 Post on 2022-8-20 16:31:21

很久没用CGenFF了，最好一个mol2文件只包含一个小分子。你的mol2里的另一个小分子是血红素啊，带金属离子的话CGenFF应该是搞不定的，而且血红素的CHARMM参数容易搞到。比如这个网站：https://charmm-gui.org/?doc=archive&lib=csml

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