求助，gromacs模拟前后配体位置处理

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-5 00:30:58

请问一下大家，我使用gromacs模拟完以后，怎样将配体的初始位置和最后位置相较于活性口袋的变化展示在同一个活性口袋中呢，我尝试用trjconv提取第一帧和最后一帧的PDB结构，然后用grep分离最后一帧的配体坐标放在第一帧的蛋白中，但是由于模拟过程中蛋白的位置发生了变化，导致两个时间段的配体位置相差很大

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-8-5 03:10:11

用gmx trjconv -f 1.pdb -s 2.pdb -fit rot+trans消除两个结构中蛋白整体的平动和转动

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-5 11:39:44

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-5 03:10
用gmx trjconv -f 1.pdb -s 2.pdb -fit rot+trans消除两个结构中蛋白整体的平动和转动

好的，感谢

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[GROMACS] 求助，gromacs模拟前后配体位置处理