计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2305|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求助Counterpoise=2输出两个分子之间的相互作用力的问题

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

68

eV
积分
74

Level 2 能力者

如题,试图计算两个分子之间由于相互作用贡献的部分力,但是Counterpoise=2时,加上force给出的是矫正后的两个分子之间的相互作用力。
想请教一下大家如何输出单纯的相互作用力部分呢?因为我们需要这个相互作用力来补充其他的不太精确的计算方法。

示例输入文件如下:
%int=superfine
%save
%nprocshared=36
#P M062X/6-31G*
counterpoise=2
force
nosymm

Gaussian input prepared by GaussianCounterpoiseCalculator

-1 1 0 1 -1 1
6 -17.3100000000 15.5000000000 0.1700000000 1
1 -16.6300000000 16.3190000000 0.4050000000 1
1 -16.7330000000 14.6050000000 -0.0620000000 1
6 -18.3400000000 15.2600000000 1.2700000000 1
1 -17.9150000000 15.4570000000 2.2540000000 1
1 -18.7180000000 14.2380000000 1.2360000000 1
6 -19.5300000000 16.3400000000 0.9000000000 1
1 -19.2900000000 17.3770000000 1.1360000000 1
1 -20.4860000000 16.0770000000 1.3520000000 1
1 -17.9240947291 15.7642035462 -0.6654544571 1
1 -19.5801826354 16.2109589375 -0.1610042918 1
6 -18.5600000000 20.4500000000 -2.1500000000 2
1 -17.5530000000 20.1280000000 -2.4140000000 2
1 -18.8030000000 21.3630000000 -2.6930000000 2
6 -18.6300000000 20.7100000000 -0.6900000000 2
1 -19.5920000000 21.1390000000 -0.4080000000 2
1 -18.5140000000 19.7360000000 -0.2150000000 2
6 -17.5500000000 21.6000000000 -0.2500000000 2
8 -17.8000000000 22.1800000000 0.8500000000 2
8 -16.4500000000 21.7100000000 -0.8800000000 2
1 -19.2346225077 19.6910496788 -2.4873112539 2

该示例文件给到的输出中force的部分如下:
Dipole        = 3.24533629D+01-4.12576139D+01 1.54236925D-01
-------------------------------------------------------------------
Center     Atomic             Integrated Forces (Hartrees/Bohr)
Number     Number              X              Y              Z
-------------------------------------------------------------------
      1        6           0.003940734   -0.011323280    0.012772854
      2        1          -0.000517346    0.002055089   -0.001135939
      3        1           0.004115373   -0.000889006   -0.001091049
      4        6          -0.022996872    0.042873144   -0.006650036
      5        1          -0.002390570   -0.001924265    0.003945160
      6        1          -0.004473626   -0.000152993    0.000163266
      7        6           0.024448769   -0.038292955    0.025828529
      8        1           0.005449852   -0.001465525    0.000976400
      9        1          -0.001648213    0.000177689    0.002206914
     10        1           0.007797254    0.002798233   -0.022734190
     11        1          -0.013779594    0.006358987   -0.014325113
     12        6           0.004629499    0.004038734   -0.021118104
     13        1           0.003329588    0.004938126   -0.000821592
     14        1           0.003570682    0.002912985   -0.006229943
     15        6          -0.019811406   -0.025782786   -0.016420810
     16        1          -0.001235243   -0.001470491    0.004276544
     17        1          -0.001426945   -0.002452698    0.011554383
     18        6           0.056983544    0.049971454    0.048164521
     19        8          -0.003509895   -0.004077095   -0.008970878
     20        8          -0.026847638   -0.014125850   -0.005247274
     21        1          -0.015627949   -0.014167499   -0.005143641


非常接近去掉counterpoise=2后得到的力:

Dipole        = 3.24557417D+01-4.12541976D+01 1.52906088D-01
-------------------------------------------------------------------
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)
Number     Number              X              Y              Z
-------------------------------------------------------------------
      1        6           0.003924109   -0.011318063    0.012779370
      2        1          -0.000516613    0.002080564   -0.001134715
      3        1           0.004117303   -0.000887339   -0.001093538
      4        6          -0.022941169    0.042896063   -0.006658240
      5        1          -0.002392331   -0.001923982    0.003942949
      6        1          -0.004492342   -0.000143893    0.000157874
      7        6           0.024439251   -0.038380542    0.025767961
      8        1           0.005477986   -0.001297754    0.000995608
      9        1          -0.001672289    0.000214671    0.002200613
     10        1           0.007794015    0.002808162   -0.022740333
     11        1          -0.013784408    0.006354038   -0.014333819
     12        6           0.004635068    0.003974361   -0.021127064
     13        1           0.003328037    0.004936618   -0.000824589
     14        1           0.003571083    0.002920081   -0.006200571
     15        6          -0.019935583   -0.025535353   -0.016548431
     16        1          -0.001212765   -0.001487770    0.004280903
     17        1          -0.001349606   -0.002792513    0.011689980
     18        6           0.057058962    0.049997148    0.048260029
     19        8          -0.003527966   -0.004099227   -0.009023543
     20        8          -0.026899041   -0.014146465   -0.005262229
     21        1          -0.015621702   -0.014168805   -0.005128214
-------------------------------------------------------------------


而我们想要得到的部分应该是一个很小的force,只衡量相互作用的部分。非常感谢!



1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-8-4 17:20:28 | 只看该作者 Only view this author
没懂你的意思,你指的是去掉counterpoise=2以后,得到的力仍然不是“单纯的”相互作用力?
因为“单纯的相互作用力”不是一个有公认定义的概念,你得先定义什么样的相互作用力是单纯的,什么样的相互作用力是不单纯的,才能讨论这个问题。如果文献对于相互作用力的单纯性有现成定义,建议贴文献原文
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6

帖子

0

威望

68

eV
积分
74

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-4 18:03:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-4 17:20
没懂你的意思,你指的是去掉counterpoise=2以后,得到的力仍然不是“单纯的”相互作用力?
因为“单纯的相 ...

我想算的部分是在A-B两个分子构成的体系中,由A分子产生的对B分子的作用力,以及由B分子产生的对A分子的作用力,这个定义应该比较清楚了。如果只是去掉counterpoise=2,得到的力还有A分子本身对自己的那一部分。
没有文献原文,只是想用gaussian实现这样的一个相互作用估计。
非常感谢回复~

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2022-8-4 19:01:51 | 只看该作者 Only view this author
yhmyzyg 发表于 2022-8-4 11:03
我想算的部分是在A-B两个分子构成的体系中,由A分子产生的对B分子的作用力,以及由B分子产生的对A分子的 ...

那最简单的办法就是单独对A做一个force计算(但是注意不要旋转到standard orientation下),然后从A-B复合物的force里面把A的force减掉
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6

帖子

0

威望

68

eV
积分
74

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-5 09:13:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-4 19:01
那最简单的办法就是单独对A做一个force计算(但是注意不要旋转到standard orientation下),然后从A-B复 ...

谢谢,最开始是这样做的,但看了sob老师的http://sobereva.com/46以后感觉BSSE对力应该也是有影响的,如果只是F(AB)-F(A),F(AB)会因为AB中的A也受到了B的基组重叠效应,产生不当的变化,因此这样不是严格正确的。

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-8-5 15:26:11 | 只看该作者 Only view this author
yhmyzyg 发表于 2022-8-5 02:13
谢谢,最开始是这样做的,但看了sob老师的http://sobereva.com/46以后感觉BSSE对力应该也是有影响的,如 ...

BSSE对力的影响很小,远小于对能量的影响,sob老师也说了,“实际上BSSE问题对于优化出的几何结构的影响很小。因此通常的弱相互作用计算,都应当在不使用counterpoise的情况下先做优化,然后再带着counterpoise计算相互作用能。”对结构优化的影响小的根本原因是对力的影响小。
如果确实担心BSSE对力的影响,那就加上counterpoise=2,或者更好的办法是用orca的gCP方法算BSSE对力的影响,好处是有解析梯度,计算和不加counterpoise一样快
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 03:24 , Processed in 0.178680 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list