求助：带电聚合物的RESP电荷如何生成

LBH0532 · 发表于 Post on 2022-7-28 22:25:25

本帖最后由 LBH0532 于 2022-7-28 22:29 编辑

制备了一种聚合物，聚合度约75-150，支链上具有含N五元环，在水中溶解后，N上带正电，解离出TFA-，想在这种物质杀菌动力学实验的基础上找到分子动力学层面其与细胞膜磷脂相互作用的证据，我们注意到http://sobereva.com/441和http://bbs.keinsci.com/thread-15078-1-1.html提到RESP方法可以计算聚合物中间单体的电荷，
请问：
1.对于这样的带电聚合物，使用PCM隐式溶剂模型的情况下，计算RESP电荷6-311G**是否足够？
2.RESP计算的电荷能否与charmm力场相互兼容？后续想要使用charmm-gui软件来进行磷脂和溶剂的构建，
3.实验的CD光谱显示该聚合物存在α螺旋-无规卷曲的构象变化，将聚合物单体添加为charmm力场中的残基后，gmx helix/helixorient能否正确分析其螺旋结构？请各位量子化学和分子动力学爱好者不吝赐教，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-30 01:51:53

1 够
2 可以用
3 gmx helix是分析蛋白质螺旋的，不用于一般的聚合物的分析。如果你的聚合物是多肽一类的，只要MD能跑出来螺旋就可以分析

LBH0532 · 发表于 Post on 2022-8-10 10:59:57

本帖最后由 LBH0532 于 2022-8-10 11:01 编辑

sobereva 发表于 2022-7-30 01:51
1 够
2 可以用
3 gmx helix是分析蛋白质螺旋的，不用于一般的聚合物的分析。如果你的聚合物是多肽一类的 ...

谢谢sob大，目前又遇到几个问题，
1.我做了一个三聚体，通过电荷约束获得了中间单体的RESP电荷后,发现大部分教程只有添加ncAA残基的部分，我的聚合物主链是-c=c-c=c-单双键交替的聚炔，其中没有N，是否能够正常添加到charmm36并被识别？
2.如果不能添加残基，为了计算简便，我们计划只做20个聚合度左右的分子，但是结构优化使用chem3D的MM2 动力学优化肯定不合理，使用gaussian opt的话，原子数目会上到3-400，速度太慢。能否使用网页版acpype先把拓扑做出来，然后把三聚体对应位置原子电荷和结构替换进去？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-10 11:14:41

LBH0532 发表于 2022-8-10 10:59
谢谢sob大，目前又遇到几个问题，
1.我做了一个三聚体，通过电荷约束获得了中间单体的RESP电荷后,发现大 ...

1 我不知道你说的ncAA是什么，和N也没直接联系

2 用sobtop产生拓扑文件，看里面和聚合物有关的例子
http://sobereva.com/soft/Sobtop

LBH0532 · 发表于 Post on 2022-8-10 12:02:30

sobereva 发表于 2022-8-10 11:14
1 我不知道你说的ncAA是什么，和N也没直接联系

2 用sobtop产生拓扑文件，看里面和聚合物有关的例子

不好意思没说明白 ncAA指的是非天然氨基酸
我当前比较困惑的点是以sobtop生成的基于gaff力场的itp/top和charmm-gui自动给出的钠离子/氯离子/磷脂分子的基于charmm36的itp是兼容的吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-11 06:42:01

LBH0532 发表于 2022-8-10 12:02
不好意思没说明白 ncAA指的是非天然氨基酸
我当前比较困惑的点是以sobtop生成的基于gaff力场的itp/top ...

不兼容CHARMM的磷脂。看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2
用兼容AMBER力场的磷脂力场，诸如Lipid、Slipids

LBH0532 · 发表于 Post on 2022-8-11 23:52:14

sobereva 发表于 2022-8-11 06:42
不兼容CHARMM的磷脂。看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2
用兼容AMBER力场的磷脂力场，诸如Lipid、 ...

谢谢sob老师，Langmuir 2017, 33, 17, 4346–4355(https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.langmuir.7b00185)的method中提到"The DOPC–DOPG membrane was built with a CHARMM-GUI Membrane Builder. The equilibrated lipid bilayer was composed of 120 lipids. The CHARMM36 force field parameters were generated by the calculation using the Gaussian03 software performed at the B3LYP/6-31G* level of theory for modeling the polyanionic and polycationic membranes, and then by the combined tools of Antechamber and ACPYPE." 这段话读起来感觉是先用antechamber搞出了mol2文件H:\MD\AP\新建文件夹\acpype-2022-08-10-03_40_52\新建 BMP 图像.bmp，然后acpype出来了聚合物itp/gro/top文件，然后把这个polymer用gmx insert-molecules插入CHARMM-GUI生成的双层脂膜中。请问这样理解可以吗？
我在在线acpype中用user电荷搞出来的itp文件键参数除电荷和相对质量外还有哪些需要修改？

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