求助：如何用gmx gangle计算一个向量和Z轴的二面角

Jus · 发表于 Post on 2023-1-28 12:30:15

各位大佬们好，我想用gmx gangle计算一个向量和Z轴的的二面角，我不明白怎么定义group1的向量为两个指定原子坐标构成的向量，请问这个是不是应该在索引里面写出来，然后选择group1时直接选择该向量对应的组号？我的命令是gmx gangle -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -g1 vector -g2 z -oav average.xvg -oall All.xvg -oh Histogtam.xvg谢谢各位的指点

enthalpy · 发表于 Post on 2023-1-28 13:06:12

你确定说的不是夹角？GMX恐怕不可以。自己写一个vmd的脚本，几行代码就能做到。

Jus · 发表于 Post on 2023-1-28 21:35:20

本帖最后由 Jus 于 2023-1-28 21:38 编辑

enthalpy 发表于 2023-1-28 13:06
你确定说的不是夹角？GMX恐怕不可以。自己写一个vmd的脚本，几行代码就能做到。

大佬您好！是夹角的，就是想计算两原子组成的向量与Z轴的倾斜角。前面表达有误抱歉了。请问一下这样的话那vmd的脚本该怎么写呢，希望您能指导一下，谢谢您

punch · 发表于 Post on 2024-2-27 21:02:22

enthalpy 发表于 2023-1-28 13:06
你确定说的不是夹角？GMX恐怕不可以。自己写一个vmd的脚本，几行代码就能做到。

你好，我原本也以为上面的命令是算夹角的，所以想请问如果是上面的命令那算的是什么呢

punch · 发表于 Post on 2024-2-27 21:03:01

Jus 发表于 2023-1-28 21:35
大佬您好！是夹角的，就是想计算两原子组成的向量与Z轴的倾斜角。前面表达有误抱歉了。请问一下这样的话 ...

你好，解决了吗？

Hahaaa · 发表于 Post on 2024-5-25 01:07:33

enthalpy 发表于 2023-1-28 13:06
你确定说的不是夹角？GMX恐怕不可以。自己写一个vmd的脚本，几行代码就能做到。

请问大佬可以指点一下怎么写这个VMD的脚本吗，有偿，无tcl编程基础面对这个真的太痛苦了，下载了en老师的angle.tcl脚本不知如何修改，想得到某两个原子与固定坐标轴z轴之间的夹角变化。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-25 03:21:47

Hahaaa 发表于 2024-5-25 01:07
请问大佬可以指点一下怎么写这个VMD的脚本吗，有偿，无tcl编程基础面对这个真的太痛苦了，下载了en老师的 ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）非常全面详细讲了VMD tcl脚本的编写，学一遍，举一反三轻轻松松写出来
现在找别人给你写了，以后碰到点小问题又不会。还不如自己彻底学明白了，一劳永逸

yilan · 发表于 Post on 2024-8-27 17:58:24

Hahaaa 发表于 2024-5-25 01:07
请问大佬可以指点一下怎么写这个VMD的脚本吗，有偿，无tcl编程基础面对这个真的太痛苦了，下载了en老师的 ...

请问en老师的angle.tcl脚本哪里可以下载啊？

yilan · 发表于 Post on 2024-8-28 16:56:22

punch 发表于 2024-2-27 21:03
你好，解决了吗？

请问大佬，解决这个问题了吗？可以分享下吗，感谢感谢

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