gromacs em跑完后，三斜体晶胞里的结构以立方体形式呈现，水分子和复合物超出边界。

djlantor · 发表于 Post on 2022-7-21 20:43:48

各位老师前辈，我想做一个pet（聚对苯二甲酸乙二醇酯）晶体和蛋白界面的分子模拟。 pet晶体结构是使用ms的构建的，晶胞参数如图所示，之后我把蛋白放在了晶体上方约3Å处，构建了一个复合物的模型，在晶胞中添加完水分子后，使用gromacs跑完能量最小化，发现三斜体晶胞里的结构以立方体形式呈现，水分子和复合物超出了三斜体晶胞如图所示。使用矫正命令 ·gmx trjconv -s em.tpr -f em.gro -oem_tric.gro -ur tric 晶胞还是没有变化，请老师前辈们指教。

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-22 15:28:36

不论是什么盒子，比较新的版本的gromacs输出的gro文件会把所有原子排列成长方体的形状，方便查看，计算过程中的盒子和看到的长方体不一样。
如果要把原子全部放到盒子中，可以在vmd中使用pbc wrap命令。

djlantor · 发表于 Post on 2022-7-22 16:33:17

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-22 15:28
不论是什么盒子，比较新的版本的gromacs输出的gro文件会把所有原子排列成长方体的形状，方便查看，计算过程 ...

原来如此，谢谢

djlantor · 发表于 Post on 2022-7-27 10:20:23

我对原轨迹使用trj命令，发现在vmd中，有些分子不在晶胞中，使用pbc wrap后，分子倒是在晶胞中，但是又出现了周期性问题，我该怎么做呢？另外我可不可以直接使用原轨迹进行分析呢？

DwyaneWan · 发表于 Post on 2022-8-20 11:29:21

djlantor 发表于 2022-7-27 10:20
我对原轨迹使用trj命令，发现在vmd中，有些分子不在晶胞中，使用pbc wrap后，分子倒是在晶胞中，但是又出现 ...

用dynamic bond

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