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[GROMACS] 蛋白质如何质子化

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我想对带不同电荷的蛋白质进行分子动力学仿真,比如+2 +9等等。
带不同电荷的过程应该就是蛋白质的质子化。

Q: 请问gromacs如何模拟这个过程或者有没有其他质子化程序(能得到gmx需要的文件,和gmx结合起来用)

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发表于 Post on 2022-8-24 12:33:40 | 只看该作者 Only view this author
gmx pdb2gmx ... -inter手动选择氨基酸残基的质子化状态。propka、H++网站预测不同pH下的质子化状态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-24 13:11:30 | 只看该作者 Only view this author
casea 发表于 2022-8-24 12:33
gmx pdb2gmx ... -inter手动选择氨基酸残基的质子化状态。propka、H++网站预测不同pH下的质子化状态

您好,感谢回复!
我使用过H++,但是她似乎是针对AMBER软件的,得到的拓扑文件是AMBER的,gmx无法使用。不知道propka如何,我去看看,感谢建议。

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发表于 Post on 2022-8-24 14:03:53 | 只看该作者 Only view this author
lishine 发表于 2022-8-24 13:11
您好,感谢回复!
我使用过H++,但是她似乎是针对AMBER软件的,得到的拓扑文件是AMBER的,gmx无法使用。 ...

如果用amber系列的力场参数,我个人更推荐的方式是整个体系都用ambertools构建,然后parmed转成gromacs的格式;charmm系列力场参数的推荐方式则是整个体系都走charmm-gui。

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发表于 Post on 2022-8-24 16:04:40 | 只看该作者 Only view this author
不要把模拟说成仿真

计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

预测pKa的程序没有针对什么动力学程序一说
都给你预测出各个残基pKa了,pdb2gmx里把质子化态设成相应的不就完了(根据pKa大于还是小于pH),前面都说了用-inter
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-24 20:57:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-24 16:04
不要把模拟说成仿真

计算化学中的一些常见不良写法和用词

谢谢sob老师的指点!我还有一个问题想请教一下:
我使用H++获得1ubq蛋白的结果如图所示(设置的pH值是3.5)。是否意味着图中结果pk_(1/2)大于3.5的氨基酸都会被质子化(带正电),而小于3.5的会去质子化?

屏幕截图 2022-08-24 205345.png (69.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

屏幕截图 2022-08-24 205345.png

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发表于 Post on 2022-8-25 09:11:01 | 只看该作者 Only view this author
lishine 发表于 2022-8-24 20:57
谢谢sob老师的指点!我还有一个问题想请教一下:
我使用H++获得1ubq蛋白的结果如图所示(设置的pH值是3. ...

看具体什么氨基酸
对于诸如ASP,只有质子解离和非解离(去质子化)的状态,预测的pKa明显小于pH就是去质子化的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 09:46:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-25 09:11
看具体什么氨基酸
对于诸如ASP,只有质子解离和非解离(去质子化)的状态,预测的pKa明显小于pH就是去质 ...

好的! 谢谢sob老师的指导~

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