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[Amber] 求助 :Amber产生小分子gaff力场 如何产生三维尺寸不一样的溶剂化盒子

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本帖最后由 cmd27 于 2022-8-28 16:17 编辑

老师们好,在使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件,我发现solvatebox  lig TIP3PBOX 8.0 使用这个命令默认三个方向都是16个埃,  我想要z轴的水层厚一点,应该用什么命令呢?

7a7beef68f088beb10c32b53eeddf53.png (39.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

我输出的18*18*18的溶剂盒子

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发表于 Post on 2022-8-28 16:07:48 | 只看该作者 Only view this author
又不是产生GROMACS的拓扑文件,用ACPYPE做什么

若确实要产生GROMACS的拓扑文件,用sobtop产生拓扑文件结合RESP2(0.5)电荷是最好也是最方便的做法,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里的例子,以及
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html

拓扑文件是拓扑文件,构建结构是构建结构,不要把问题搅合在一起问,都不知道你到底要问什么

看手册便知solvatebox就是构建立方溶剂盒子,考虑到小分子在模拟过程中会自由旋转,单方向更厚没有意义。

帖子标题严重病句。发帖前记得仔细检查。发现有问题及时编辑帖子修改


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-28 16:16:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-28 16:07
又不是产生GROMACS的拓扑文件,用ACPYPE做什么

若确实要产生GROMACS的拓扑文件,用sobtop产生拓扑文件结 ...

好的  谢谢sob老师  明白了   我直接得到结构  再用amber产生力场

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