计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 27324|回复 Reply: 23
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助高斯软件计算天然产物得ECD图谱

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

35

eV
积分
47

Level 2 能力者

各位网友,你们有没有专门研究计算ECD图谱的?

369

帖子

1

威望

7873

eV
积分
8262

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2016-5-6 20:57:45 | 只看该作者 Only view this author
我会一点计算ECD确定天然产物绝对构型,需要帮助的话给我发短信!

12

帖子

0

威望

35

eV
积分
47

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-7 09:13:31 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2016-5-6 20:57
我会一点计算ECD确定天然产物绝对构型,需要帮助的话给我发短信!

层主有专门做这个么?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-5-14 19:14:58 | 只看该作者 Only view this author
有问题直接问就行了,否则很难给你提供帮助。
高斯算ECD是很简单的事,参见
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

5#
发表于 Post on 2016-9-15 11:37:18 | 只看该作者 Only view this author
对于ECD计算,分子构象搜索后依据什么对搜索结果筛查下一步要进行优化的对象?有的说依据构象搜索结果中的E值<10 kacl/mol, 有的说依据rel E<2 kal/mol, 有的说依据Boltzmann Dist<10%。另外, 有的不管以上搜索结果,只是从前面E值的从小到大顺序分别计算单点能和吉布斯自由能,得出相对单点能值(rel E)和相对吉布斯自由能值(rel G值),再根据 rel E 和 rel G 都<2 kal/mol 且自由能的 Boltzmann Dist 分布>2% 的构象做下一步的优化。请问哪一种方法正确或者都不正确?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2016-9-15 11:59:58 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-15 11:37
对于ECD计算,分子构象搜索后依据什么对搜索结果筛查下一步要进行优化的对象?有的说依据构象搜索结果中的E ...


看具体体系和实际计算能力,以及计算级别,比较粗糙的方法都没法正确区分开2kcal/mol差异。
比如分三步,半经验优化->DFT优化+频率->双杂化大基组算单点
半经验优化完可以提取比如50个留到DFT优化+频率,然后再取自由能最低的20个算高精度单点,加到DFT自由能校正量上得到精确自由能。
每次留多少没有定数,看实际问题和计算条件。

对于ECD计算目的,稳妥点的话,至少最后筛出来的自由能最高的那个构象占波尔兹曼分布别超过5%(或者放宽点,10%)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

7#
发表于 Post on 2016-9-15 15:35:03 | 只看该作者 Only view this author
请问高精度单点能的计算是不是DFT/B3LYP/6-31G方法得出的SCF值?
步骤能不能理解成这样:(1)semi-emprical or Hartree-Fock/6-31G opt 优化结构;(2)优化的结构运行 DFT/B3LYP/6-31G opt 得到高精度单点能SCF值(3)DFT/B3LYP/6-31G opt+freq 得到自由能校正量(sum of electronic and thermal free energies), 加上SCF值就得到精确自由能。(4)计算精确自由能的玻尔兹曼分布 P(100%),筛选 P>5% 或 10% 的构象做ECD计算. 谢谢sob老师的耐心解答。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-9-15 15:43:10 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-15 15:35
请问高精度单点能的计算是不是DFT/B3LYP/6-31G方法得出的SCF值?
步骤能不能理解成这样:(1)semi-empric ...

6-31G根本没法用
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

筛选过程参考
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2016-9-15 18:40:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师。

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

10#
发表于 Post on 2016-9-17 12:58:15 | 只看该作者 Only view this author
计算ECD时我见很多人的论文或者一些计算化学文献提到相对能(relative energy)和相对吉布斯自由能(relative Gribbs free energy),请问这个相对能是怎么来?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2016-9-17 15:49:55 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-17 12:58
计算ECD时我见很多人的论文或者一些计算化学文献提到相对能(relative energy)和相对吉布斯自由能(relati ...


相对能根本就没有明确的指代
相对电子能量、相对自由能、相对内能、相对焓都有可能
所以不要效仿某些文献用这种含糊不清的词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2016-9-17 16:54:48 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师。

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

13#
发表于 Post on 2016-9-17 20:42:09 | 只看该作者 Only view this author
ECD计算中无论是结构优化还是精确自由能计算,输出文件都会看到一个SCF done E=A值,在gaussian view界面summary 也可以看到 E=B 值,并且 A 和B 值稍稍有点不同,请问他们各自代表的意义是什么?比如计算自由能,该选哪一个合理?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2016-9-18 09:17:02 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-17 20:42
ECD计算中无论是结构优化还是精确自由能计算,输出文件都会看到一个SCF done E=A值,在gaussian view界面su ...


不要管gview显示的
优化任务输出文件里最后一次scf done是最后结构下当前级别的能量(对于HF、DFT来说)
算自由能用这个干嘛。用懒人的方法直接读取freq任务给出的自由能值,如果用勤快人的方法又用不到这个值。

懒人和勤快人的方法看这里:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2016-9-18 18:24:04 | 只看该作者 Only view this author
我看到身边的同学计算ECD的步骤是这样的:(1)结构优化。(2)频率分析读取 G 值(sum of electronic and thermal free energies),在此基础上以最低能量为参考算出relative free Gibbs,确定下一步要做精确自由能的结构。(3)精确计算电子能量,加上频率分析的校正值,得到精确自由能,再次以最低能量为参考算出relative free Gibbs,得出玻尔兹曼构象分布。这样得出的结果有什么问题吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 02:41 , Processed in 0.186955 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list