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[GROMACS] 乙酰丙酸H6与甲苯C5之间的径向分布函数,做rdf时出现的锋不太对

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我是用四丁基醋酸铵与乙酰丙酸形成DESs吸收甲苯,做乙酰丙酸H6与甲苯C5 之间的径向分布函数,黑色的是0-40ns的图,红色的是30-40ns的图
现在的问题是,1、不管取多少ns,第一个峰为啥是小于1的峰。2、
取30-40ns的数据做的图(图1黑线图)是波浪似的。3、取0-40ns的数据作图时后面折到小于1了。

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发表于 Post on 2024-6-1 09:36:59 | 只看该作者 Only view this author
1、2 搞清楚rdf的定义,并且认清rdf是对每一对原子的平均。rdf要么不用,要用就必须搞清楚定义和计算原理

超过了统计距离上限
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-1 16:10:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-1 09:36
1、2 搞清楚rdf的定义,并且认清rdf是对每一对原子的平均。rdf要么不用,要用就必须搞清楚定义和计算原理
...

好的好的,谢谢

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