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[GROMACS] 真空、单个蛋白、无pbc、不考虑cutoff下的参数设置的问题

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楼主
真空、单个蛋白、无pbc条件、不考虑cutoff的情况下,为了最大化运行效率,*.mdp是否可以按照如下进行设置:
;搜索
cutoff-scheme       = verlet
nstlist                  = 1000000;  此处等于MD总步数,整个仿真只更新一次(请问这儿是否可行?)ns-type                 = Grid
pbc                              = xyz; 此处设置pbc,是因为我的box开得很大:999.999nm,等效于不考虑pbc
verlet-buffer-tolerance         = -1
rlist                    = 100; 由于盒子很大,rlist可以设置得很大,保证包含整个蛋白的所有原子

;库伦
coulombtype              = cut-off
rcoulomb                 = 50; 由于盒子很大,r可以设置得很大,保证包含整个蛋白的所有原子
coulomb-modifier                 = none

;范德华
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 50; 由于盒子很大,r可以设置得很大,保证包含整个蛋白的所有原子
vdw-modifier                         = none
后面省略...






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发表于 Post on 2022-9-10 15:26:34 | 只看该作者 Only view this author
说具体版本
老版本都不用设PBC
那叫模拟不叫仿真
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-11 10:26:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lishine 于 2022-9-11 10:42 编辑
sobereva 发表于 2022-9-10 15:26
说具体版本
老版本都不用设PBC
那叫模拟不叫仿真

2018.8版本的,pbc = no同时设置 cutoff-scheme= group,确实可以跑的,但速度无显著提升

另外,如果我不想设置cutoff,请问应该如何设置参数,我目前是将rlist等调很大,感觉有点笨。

谢谢老师提醒“仿真”和“模拟“的区别!~

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发表于 Post on 2022-9-12 12:51:10 | 只看该作者 Only view this author
lishine 发表于 2022-9-11 10:26
2018.8版本的,pbc = no同时设置 cutoff-scheme= group,确实可以跑的,但速度无显著提升

另外,如果 ...
若要考虑无穷远距离的作用,写
pbc = no
nstlist = 0
rlist = 0
cutoff-scheme = group
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 0
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-13 16:45:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-12 12:51
若要考虑无穷远距离的作用,写
pbc = no
nstlist = 0

sob老师,我使用您推荐的参数,但报错如下:
Domain decomposition does not work with nstlist=0
是不是意味着我无法在笔记本电脑上使用多核并行,必须单核跑?这样速度就慢了..

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发表于 Post on 2022-9-14 03:15:18 | 只看该作者 Only view this author
lishine 发表于 2022-9-13 16:45
sob老师,我使用您推荐的参数,但报错如下:
Domain decomposition does not work with nstlist=0
是不 ...

甭用域分解就完了,纯靠OpenMP并行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-15 10:23:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lishine 于 2022-9-15 10:30 编辑
sobereva 发表于 2022-9-14 03:15
甭用域分解就完了,纯靠OpenMP并行

请问sob老师关闭域分解是在mdrun指令中关闭对吗?请问是哪个选项?(我查了手册,但是似乎没有这个选项)
我查了您之前的回复,用的是:“-ntmpi 1不用thread-MPI并行,就不会做域分解了。
请问这个对速度是不是有影响?


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发表于 Post on 2022-9-16 03:46:03 | 只看该作者 Only view this author
lishine 发表于 2022-9-15 10:23
请问sob老师关闭域分解是在mdrun指令中关闭对吗?请问是哪个选项?(我查了手册,但是似乎没有这个选项) ...

就是-ntmpi 1
核数很多时,thread-MPI和OpenMP混合并行比纯粹用OpenMP并行多数情况效率更高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 17:28:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-16 03:46
就是-ntmpi 1
核数很多时,thread-MPI和OpenMP混合并行比纯粹用OpenMP并行多数情况效率更高

好的sob老师~
我测试后,就我的笔记本而言,还是考虑采用:
1、把box设置的很大(999nm);
2、把nlist设置得很大(10000);
3、把rlist、rvdw、rcolum设置得很大(50nm)。
这种方法速度最快~

谢谢sob老师!

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