根据msd处理扩散系数和电导率求助

qiyan · 发表于 Post on 2022-9-2 21:06:08

体系是IL和水，在npt下根据gmx msd获得阴阳离子的msd，怎么转换成扩散系数电导率。直接获得的D误差是不是太大了

chengsq · 发表于 Post on 2022-9-3 10:19:58

通过gmx msd中的-beginfit和-endfit选取中间较为平直的部分去计算扩散系数D.

StormSpirts · 发表于 Post on 2022-9-3 18:35:13

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-9-3 19:49:30

如果指定合适的-beginfit和-endfit重新算MSD耗时过长，可以直接把已得到的这条线放到Origin里面拟合。

bobosiji · 发表于 Post on 2022-9-8 14:13:35

msd曲线17ns后一直往上翘有点奇怪：曲线很光滑，也不太像是统计误差。。

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[GROMACS] 根据msd处理扩散系数和电导率求助