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[GROMACS] 水分子和蛋白质运动的区分问题

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楼主
大家好!

想起来一个问题哈。在做蛋白质-水溶液模拟的时候,预平衡时会把蛋白质的重原子限制住,在production run时,一般就把限制放开了是吧?那这样做的话,蛋白质不就可以自由的平动转动了吗?这样的话,靠近蛋白质表面的水分子岂不是就会随着蛋白质运动而运动?怎么能把这种水分子的运动和蛋白质自身的运动区分开呢?还是说本身两者就应该是耦合的,不应该区分?
希望有老师或者同学可以给解释或者讨论下。非常感谢

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发表于 Post on 2022-9-15 22:00:09 | 只看该作者 Only view this author
MD跑完后,对蛋白质做个align(也叫RMSD fitting)以消除蛋白质在轨迹中相对于特定帧(通常是初始帧)的整体平动转动就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 20:25:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-15 22:00
MD跑完后,对蛋白质做个align(也叫RMSD fitting)以消除蛋白质在轨迹中相对于特定帧(通常是初始帧)的整 ...

谢谢sobereva老师。 不过我不是很明白,计算那个RMSD不是看蛋白质结构变化的情况吗,怎么可以消除蛋白质在轨迹中相对于特定帧(通常是初始帧)的整体平动转动呢?您说的是trjconv -fit rot+trans 命令吗?

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发表于 Post on 2022-9-16 23:43:09 | 只看该作者 Only view this author
gongrehk 发表于 2022-9-16 20:25
谢谢sobereva老师。 不过我不是很明白,计算那个RMSD不是看蛋白质结构变化的情况吗,怎么可以消除蛋白质 ...

显然是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-17 15:04:45 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师。不过我还是不明白为什么要消除这种转动平动。靠近蛋白质表面的水分子随着蛋白质运动而运动不应该是正常的吗?

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发表于 Post on 2022-9-17 15:47:38 | 只看该作者 Only view this author
gongrehk 发表于 2022-9-17 15:04
谢谢老师。不过我还是不明白为什么要消除这种转动平动。靠近蛋白质表面的水分子随着蛋白质运动而运动不应 ...

蛋白质整体运动会有碍对水相对于蛋白运动行为的分析统计
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-17 16:04:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-17 15:47
蛋白质整体运动会有碍对水相对于蛋白运动行为的分析统计

哦哦 所以这是消除整个系统(包括水)相对于蛋白质初始帧的运动是吗,而不只是蛋白质相对于蛋白质初始帧?

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发表于 Post on 2022-9-18 04:09:48 | 只看该作者 Only view this author
gongrehk 发表于 2022-9-17 16:04
哦哦 所以这是消除整个系统(包括水)相对于蛋白质初始帧的运动是吗,而不只是蛋白质相对于蛋白质初始帧?

这种操作会令整个体系所有原子一起发生平移/旋转,使得蛋白质部分和参考帧结构尽可能贴合,因此也会影响水的位置
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-19 23:41:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-18 04:09
这种操作会令整个体系所有原子一起发生平移/旋转,使得蛋白质部分和参考帧结构尽可能贴合,因此也会影响 ...

明白了 谢谢老师!

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