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[GROMACS] 求助 gromacs如何得出给定阈值内的壳层水数量

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在模拟过程中,根据径向函数rdf得出了冠醚分子中的c原子与水分子中的o原子的rdf函数为图所示
规定图中第一个谷内为阈值,大概为0.509nm,即水分子离c原子的距离小于0.509nm视为水分子在分布在冠醚分子附近,接着将模拟过程的路径trr文件转换成了坐标gro文件,现在想用python文件编写一个程序,来判定在模拟过程中,阈值范围内的水分子变化过程图,这个程序应该如何编写

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发表于 Post on 2022-9-13 20:59:56 | 只看该作者 Only view this author
计算指定原子附近水分子的数量用gmx select就可以了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-14 09:18:20 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-9-13 20:59
计算指定原子附近水分子的数量用gmx select就可以了

我去看看 谢谢!

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发表于 Post on 2022-9-15 05:59:30 | 只看该作者 Only view this author
写个VMD tcl脚本,循环每一帧,用atomselect选择附近的水(结合within...,参考http://sobereva.com/504),输出atomselect对象的OW原子的数目即是水的数目
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-15 09:16:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-15 05:59
写个VMD tcl脚本,循环每一帧,用atomselect选择附近的水(结合within...,参考http://sobereva.com/504) ...

老师 如果用gmx mindist命令可以吗

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发表于 Post on 2022-9-16 03:40:19 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2022-9-15 09:16
老师 如果用gmx mindist命令可以吗

恰当定义组并结合-group选项可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 08:50:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-16 03:40
恰当定义组并结合-group选项可以

好的 谢谢老师

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