求助packmol建的结构有一些水分子出现在外部

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2022-9-13 21:38:44

检查了好几遍不知道哪里有问题了，MS可视化之后总有一些水分子出现在外部，附上我的文件，求助大佬，感激不尽

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-13 21:45:17

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “packmol求助” 改了，以后务必注意

含光君 · 发表于 Post on 2022-9-13 21:57:32

inside cylinder a1 b1 c1 a2 b2 c2 r l 表示从(a1, b1, c1) 开始往(a2, b2, c2)方向伸展l长度，半径为r
（以上为分子动力学与Gromacs培训班卢老师讲授内容）
所以如果要使水分子出现在碳管内，应改为 inside cylinder 10. 10. 0. 0. 0. 1. 7. 1100.
不过你也没说清楚想要建成什么样的模型，提问应该把问题说明完整

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2022-9-14 10:39:48

sobereva 发表于 2022-9-13 21:45
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反 ...

好的谢谢sob老师

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2022-9-14 10:41:05

本帖最后由吧唧爱吃糖于 2022-9-14 11:02 编辑

含光君发表于 2022-9-13 21:57
inside cylinder a1 b1 c1 a2 b2 c2 r l 表示从(a1, b1, c1) 开始往(a2, b2, c2)方向伸展l长度，半 ...

抱歉，想建立一个碳纳米管里面放上水分子。按照您的指导成功了
但是没理解为什么是10. 10. 0. 0. 0. 1.那？主要是0. 0. 1.没懂，如果是0. 0. 1.那这个矢量方向不就是斜的了吗？

含光君 · 发表于 Post on 2022-9-14 11:17:13

吧唧爱吃糖发表于 2022-9-14 10:41
抱歉，想建立一个碳纳米管里面放上水分子。按照您的指导成功了
但是没理解为什么是10. 10. 0. 0. 0. 1. ...

你建立的碳管模型的径向平面是x-y平面，向z方向轴向延伸，所以伸展方向的矢量就取z轴正方向（0，0，1）。

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2022-9-14 11:53:44

含光君发表于 2022-9-14 11:17
你建立的碳管模型的径向平面是x-y平面，向z方向轴向延伸，所以伸展方向的矢量就取z轴正方向（0，0，1）。

懂了，感谢指点

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[综合交流] 求助packmol建的结构有一些水分子出现在外部