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[GROMACS] 进行非动态平衡模拟遇到的问题,部分水分子被吸附在一侧没有按照加速方向移动

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本帖最后由 ups223 于 2024-6-29 15:16 编辑

在建立的盐水过滤系统中,给水分子添加了向Z正方向大小为1nm/ps2的加速度,用来过滤的PA链层和两端的石墨烯片层都用freezegrps固定了,但是有时会出现部分水分子直接被边上用来限位的已经固定坐标的单层石墨烯吸附住,我之前也尝试把单层石墨烯放得与盐水更远一些,但还是会出现水分子直接跑过去的状况。但有的时候即便初始石墨烯靠近盐水,也不会发生吸附,我尝试了加大加速度的值但是对于出现过这个问题的系统还是无法解决,求解答。

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Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2024-6-29 18:45:52 | 只看该作者 Only view this author
可以尝试调整石墨烯板和其他分子间的相互作用,譬如把石墨烯的原子电荷设为零、调整其LJ参数使之疏水等。

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