amber16使用sander.MPI运行最小化报错

fuchg · 发表于 Post on 2022-9-17 18:05:21

本帖最后由 fuchg 于 2022-9-18 13:58 编辑

各位老师，我使用amber16中的sander.MPI进行最小化，但是出现了如下所示的错误：

下面是我的运行命令及in文件：
运行命令：mpirun -np 5 sander.MPI -O -i ../in/min1.in -o min1.out -p ../com_l122sep.prmtop -c ../com_l122sep.inpcrd -r min1.rst -ref ../com_l122sep.inpcrd

但是同样的命令和in文件其他的体系就可以运行，请问这是什么原因呢？

min1.out (9.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-17 18:43:35

不要自己在标题上写[Amber]这种标签，给你去掉了，以后注意

fuchg · 发表于 Post on 2022-9-17 19:16:46

sobereva 发表于 2022-9-17 18:43
不要自己在标题上写[Amber]这种标签，给你去掉了，以后注意

好的，谢谢老师

casea · 发表于 Post on 2022-9-18 08:36:19

得看你的out文件，有可能是限制出错了

fuchg · 发表于 Post on 2022-9-18 13:59:14

casea 发表于 2022-9-18 08:36
得看你的out文件，有可能是限制出错了

您好，我重新查看了我的out文件，没有找到明显的报错，我重新上传了我的out文件，您能帮我看一下吗？

casea · 发表于 Post on 2022-9-18 14:57:56

fuchg 发表于 2022-9-18 13:59
您好，我重新查看了我的out文件，没有找到明显的报错，我重新上传了我的out文件，您能帮我看一下吗？

将restraint_wt设的大一点看看,比如说设为150

fuchg · 发表于 Post on 2022-9-18 22:52:33

casea 发表于 2022-9-18 14:57
将restraint_wt设的大一点看看,比如说设为150

好的，老师，我尝试一下，谢谢

阿志 · 发表于 Post on 2022-9-19 09:43:30

casea 发表于 2022-9-18 14:57
将restraint_wt设的大一点看看,比如说设为150

老师，您好，我想问一下，restaraint_wt，这个参数应该根据什么标准来确定值是多少？

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[Amber] amber16使用sander.MPI运行最小化报错

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