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[VMD] VMD观看轨迹胡乱成键问题

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在用vmd观看轨迹文件时发现蛋白有一些成键问题

在使用了动态成键以及改写成键关系mol bondsrecalc all; topo retypebond),也并未解决该问题

我查看了一下,左上和右下是同一个氨基酸。
是盒子的周期性问题导致的该状况出现的嘛
当时我设置的盒子是-d 0.8立方体盒子

这是mdp文件。
请问社长这种情况怎么解决。

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发表于 Post on 2024-6-5 12:53:35 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题,trjconv结合-pbc mol处理轨迹保持分子完整性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-6 08:53:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-5 12:53
老生常谈的问题,trjconv结合-pbc mol处理轨迹保持分子完整性

感谢老师,已解决

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