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[GROMACS] 如何描述一个小分子进入活性中心的难易程度?

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楼主
本帖最后由 Markmahao 于 2022-9-21 22:08 编辑

如题,请教各位老师假如有两个蛋白发生了相互作用,有另一个小分子(比如一氧化碳、氧气等)会与其中一个蛋白的活性中心发生作用。如何描述两个蛋白作用前后,小分子进入活性中心的难易程度变化呢?感谢各位老师。

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发表于 Post on 2022-9-21 18:28:58 | 只看该作者 Only view this author
标题是病句

先看两个蛋白相互作用怎么影响小分子进入路径、怎么影响活性中心附近的环境。先凭借蛋白结合前后的结构差异凭直觉判断,有必要再做深入讨论或计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 22:10:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-21 18:28
标题是病句

先看两个蛋白相互作用怎么影响小分子进入路径、怎么影响活性中心附近的环境。先凭借蛋白结合 ...

抱歉sob老师,已更改。  问题就像是您说的,如果通过直觉不好描述难易程度,如何计算或深入讨论?

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发表于 Post on 2022-9-21 22:11:18 | 只看该作者 Only view this author
Markmahao 发表于 2022-9-21 22:10
抱歉sob老师,已更改。  问题就像是您说的,如果通过直觉不好描述难易程度,如何计算或深入讨论?

比如做拉伸动力学,得到出去过程的PMF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 22:24:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-21 22:11
比如做拉伸动力学,得到出去过程的PMF

谢谢sob老师,我试着研究一下。

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发表于 Post on 2022-9-22 05:50:12 | 只看该作者 Only view this author
你这是k_on/k_off计算,一般是要算小分子进出过程的PMF,不过目前还没有什么golden standard方法。

如果分子是氧气这个级别的可以考虑在体系里放上三五个,然后用GaMD硬跑。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-22 09:18:48 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2022-9-22 05:50
你这是k_on/k_off计算,一般是要算小分子进出过程的PMF,不过目前还没有什么golden standard方法。

如果 ...

非常感谢!

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