求助，模拟纯冰水结冰，结冰速度前期很快，后期速度很慢

非好汉 · 发表于 Post on 2023-6-6 16:35:00

本帖最后由非好汉于 2023-6-6 18:42 编辑

各位大佬，我在模拟纯冰水结冰时发现结冰速度不合理，想问一下。这几个图，分别是em.gro，经过30 ns后的md.gro,再在md.gro的基础上模拟50ns得到md2.gro，再在md2.gro的基础上模拟50ns得到md3.gro。（水模型使用的是公社里sob老师给的tip4p-ice，单个水分子是用tip4p.gro通过删减得到的，冰是用genice构建的四点冰，使用的gromacs版本是sob老师编译的2020.6gpuwin64版）
链接:https://pan.baidu.com/s/1Ig_Ga5ytBeCELIqSTooX4g 提取码:u3b2 （链接中无trr和xtc文件，太大了）补上xtc文件链接:https://pan.baidu.com/s/1XpyswghOzMMwG9PEeJ9zfQ 提取码:e32e

zhitengcheer · 发表于 Post on 2023-6-6 19:52:58

楼主是用VMD输出的gro图像吗？

chenzhe · 发表于 Post on 2023-6-6 21:22:15

看不出什么问题，而且水结冰本来就是先快后慢，最后接近甚至几乎冰不再生长。

非好汉 · 发表于 Post on 2023-6-7 16:41:26

zhitengcheer 发表于 2023-6-6 19:52
楼主是用VMD输出的gro图像吗？

是的，但这个我是截的图

非好汉 · 发表于 Post on 2023-6-7 16:41:40

chenzhe 发表于 2023-6-6 21:22
看不出什么问题，而且水结冰本来就是先快后慢，最后接近甚至几乎冰不再生长。

好的，谢谢

Mr.zhen · 发表于 Post on 2024-5-23 12:21:40

您好，请问计算文件方便再发一下吗，我在模拟过程中总是结冰不成功，希望能借鉴一二，非常感谢

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