不同碱性催化剂对过渡态计算应该如何计算

yucci_1111 · 发表于 Post on 2022-9-28 22:30:39

各位老师晚上好，我最近在进行一个过渡态的计算，文章里面反应的第一步是催化剂对反应物1催化得到中间体1（图反应路径)，做了反应条件的筛选（图反应条件筛选），从左往右条件分别是溶剂、催化剂、温度以及两个产物的产率。我想计算不同碱性的催化剂对这个反应物1是否存在过渡态以及如果存在过渡态的话它们之间的能量的差别，那我在计算的过程中需要在输入的命令中体现出碱性嘛？如果需要体现的话又该如何体现呢？其次是文章还探讨了不同的温度和溶剂对产率也有所影响，那么在计算过程中也需要体现温度和溶剂嘛？

Lucas_xin · 发表于 Post on 2022-9-28 23:17:05

我做过的一个课题是不考虑碱的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-28 23:59:18

如何体现pH参见https://mattermodeling.stackexch ... molecules/9605#9605
如何体现温度参见http://sobereva.com/423
如何体现溶剂参见http://sobereva.com/327，注意这里的碱必须做显式溶剂化，光用隐式溶剂精度不够

另外，这个反应里面，脱质子这一步几乎必然不是决速步（因为普通酸碱反应是很快的，不至于100度才能发生），所以碱的作用更可能是影响第一步的热力学，而非动力学。应该考虑用第一步的Gibbs自由能变，而非活化Gibbs自由能来解释

yucci_1111 · 发表于 Post on 2022-9-29 09:24:45

好的非常感谢老师的回复！我马上去试一下

yucci_1111 · 发表于 Post on 2022-9-29 09:28:19

Lucas_xin 发表于 2022-9-28 23:17
我做过的一个课题是不考虑碱的

我一开始做的时候也是没有考虑碱的情况，后来做出图来后发现图的结果无法解释实验的数值，问了老师，老师说还是要考虑催化剂的酸碱度

yucci_1111 · 发表于 Post on 2022-9-29 20:40:35

wzkchem5 发表于 2022-9-28 23:59
如何体现pH参见https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/9602/calculation-of-ph-dependence-f ...

老师你好，因为我从未接触过显式溶剂模型的构建，所以我想问一下我的这个催化剂要做显式溶剂化的话是不是需要参考http://sobereva.com/406这个博文的来构建我的模型呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-29 20:54:43

yucci_1111 发表于 2022-9-29 13:40
老师你好，因为我从未接触过显式溶剂模型的构建，所以我想问一下我的这个催化剂要做显式溶剂化的话是不是 ...

对，packmol不是唯一方法，但是是可以用的方法之一。如果加的溶剂分子不是很多，也可以直接用molclus做构型搜索

yucci_1111 · 发表于 Post on 2022-9-29 20:56:24

wzkchem5 发表于 2022-9-29 20:54
对，packmol不是唯一方法，但是是可以用的方法之一。如果加的溶剂分子不是很多，也可以直接用molclus做构 ...

好的老师，我去尝试一下

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