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[Gaussian/gview] 关于隐式水和显式水模型的能量计算问题?

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构建高斯模型时,有个疑问一直没有弄明白。金属离子参与到配位反应中,但实际上溶液中水分子和金属离子之间也会发生反应(如果氢氧根),如果构建显式模型,添加水分子的个数是个问题(理论上应该众多水分子通过水腔与金属离子成键);如果构建隐式模型,不知道理论上的高斯内的隐式水模型是否自动考虑其与金属离子的(水-离子)的成键作用?不知道大家如何处理这种体系?谢谢!

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发表于 Post on 2017-4-5 10:19:35 | 只看该作者 Only view this author
“如果氢氧根”是何物?
隐式溶剂模型下没法表现水与金属离子的配位作用,而且隐式溶剂模型对于离子体系,尤其是高价离子,误差会很大,算出来的溶解自由能误差也比中性大一个数量级。

显式模型下,金属离子一般按照水合离子处理,水与金属形成配位键,能形成的数目是有限的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-5 11:19:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-5 10:19
“如果氢氧根”是何物?
隐式溶剂模型下没法表现水与金属离子的配位作用,而且隐式溶剂模型对于离子体系, ...

谢谢!也就是说,显示模型处理,可以适当多加点水分子,让其形成形成充足的“水-离子”配位键?一般,对于常见金属离子,添加多少水分子较为合适呢?

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发表于 Post on 2017-4-5 13:01:25 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2017-4-5 11:19
谢谢!也就是说,显示模型处理,可以适当多加点水分子,让其形成形成充足的“水-离子”配位键?一般,对 ...

恩,尽可能充分地形成配位键,这样和实际一致
加多少也看具体金属离子接受配体的能力,不同离子不同。
把配位水都考虑之后,更外层的水是否考虑就影响不大了,靠隐式溶剂模型描述即可(即杂化溶剂模型)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-9 12:23:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-5 13:01
恩,尽可能充分地形成配位键,这样和实际一致
加多少也看具体金属离子接受配体的能力,不同离子不同。
...

谢谢!我按照化学上已有的既定配位能力设置水分子数目。

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发表于 Post on 2018-9-30 21:48:14 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想找一个反应(水是反应物之一)的过渡态,水和其他的分子能够形成氢键,想请教下这种情况下也需要同时考虑显式水和隐式水模型吗?只用显式水可以吗?

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发表于 Post on 2018-9-30 21:51:57 | 只看该作者 Only view this author
花开半夏 发表于 2018-9-30 21:48
Sob老师,我想找一个反应(水是反应物之一)的过渡态,水和其他的分子能够形成氢键,想请教下这种情况下也 ...

量化计算中一般用显式溶剂模型的时候都和隐式溶剂模型结合使用,这样对溶剂效应考虑才完整、充分
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发表于 Post on 2018-9-30 22:01:20 | 只看该作者 Only view this author
多谢sob老师的指点,还有一个问题,对于水参与的反应,应该算几个水合理呢,有没有可供参考的标准,还是具体问题具体分析。

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发表于 Post on 2018-9-30 22:25:07 | 只看该作者 Only view this author
花开半夏 发表于 2018-9-30 22:01
多谢sob老师的指点,还有一个问题,对于水参与的反应,应该算几个水合理呢,有没有可供参考的标准,还是具 ...

具体问题具体分析
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发表于 Post on 2018-10-1 10:53:00 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2018-10-1 11:34:19 | 只看该作者 Only view this author
花开半夏 发表于 2018-9-30 21:48
Sob老师,我想找一个反应(水是反应物之一)的过渡态,水和其他的分子能够形成氢键,想请教下这种情况下也 ...

参考一下离子水化数

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发表于 Post on 2018-10-2 14:42:43 | 只看该作者 Only view this author
多谢您的解答,搜了一些资料还不是特别明白,请问您有可供参考的文献之类的资料吗?

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发表于 Post on 2019-2-15 11:01:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-30 22:25
具体问题具体分析

sob老师,我有一个体系,溶剂(HFIP)可能跟试剂间形成氢键。于是我在隐式溶剂模型下(仍设此时的溶剂是HFIP),计算HFIP和试剂形成氢键的结构。请问能否这样做?

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发表于 Post on 2019-2-15 11:02:37 | 只看该作者 Only view this author
little轲 发表于 2019-2-15 11:01
sob老师,我有一个体系,溶剂(HFIP)可能跟试剂间形成氢键。于是我在隐式溶剂模型下(仍设此时的溶剂是H ...

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发表于 Post on 2022-10-5 13:25:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-5 10:19
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老师好,按您说的,铜的络合物构型是不是可以是Cu(配体)(h2o)n,而不是Cu(配体)(oh)2(h2o)n?

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