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[综合交流] Marcus理论计算金属配合物还原能垒是否可以带隐式溶剂

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本帖最后由 madhatter 于 2022-10-2 13:19 编辑

在看了sob老师的乱谈外重组能的计算 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)其中针对隐式溶剂下的重组能计算是如图的,Gaussian09的关键词,noneq=xxx是写在坐标末尾后空一行处,我用的orca该如何将上一步的溶剂信息用于下一步计算,关键词如何写,还有文中给的是b3lyp 我是否可以用m062x 6-31G*来算能量(smd下计算自由能)。

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发表于 Post on 2022-10-2 17:18:46 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指m062x/6-31G*结合SMD算溶解自由能,可以。如果你是指拿它算电子能量部分,太low
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-2 17:43:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 madhatter 于 2022-10-2 17:48 编辑
sobereva 发表于 2022-10-2 17:18
如果你是指m062x/6-31G*结合SMD算溶解自由能,可以。如果你是指拿它算电子能量部分,太low

打扰了sob老师了因为我用的是orca 所以不会写noneq=xxx 所以直接自定义的smd orca中优化可以得到溶剂cpcm的文件,但是如何把这部分信息像高斯一样放到单点计算那里去我就不会了,所以我就在所有过程里都加了隐式溶剂(smd自定义的溶剂)

我目前先算的外重组能(a) 优化中性状态结构 (cpcm
(b) 在(a)的结构下算中性状态的能量E1 smd
(c) 在(a)的结构下算阳离子状态的能量E2 smd
(d) 优化阳离子状态结构 cpcm
(e) 在(d)的结构下算中性状态的能量E3 smd
(f) 在(d)的结构下算阳离子状态的能量E4 smd
重组能为
λ(I)=|E3-E1|
λ(II)=|E2-E4|
λh= λ(I)+λ(II)

我优化结构都是用b3lyp def2-TZVP+隐式溶剂cpcm(具有离子特性),算能量的时候是M062X 6-31G*结合smd得到了单点能,直接相加减算λh
因为加了smd所以我用的这个基组,我不太清楚这里是电子能量还是溶解自由能去相加减求λh,目的是用λh去算还ΔG = 0.25 (ΔrG + λ)2/λ,所以这里是用电子能量应该用更高精度的泛函加基组?有推荐吗?



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