请问对于与氢相关共价键，约束hbonds和all-bonds等价吗？

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-10-6 09:43:11

各位老师好，想请问对于与氢相关的共价键，比如O-H键，想要约束其键长（让距离固定不变）的话，用constraint=hbonds或者constraint=all-bonds的效果是等价的吗？

谢谢各位老师解答

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-10-6 12:38:43

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-6 13:32 编辑

hbonds只约束和H相连的键的键长，all-bonds会约束所有键的键长

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-10-6 13:00:32

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 12:38
hbonds只约束和H相连的键的键长，all-bonds会约束所有键的键长，以及和H有关的键角

谢谢老师解答，也就是说以C-O-H为例，

hbonds只约束O-H间距离，而all-bonds约束C-O，O-H间距离，还有∠C-O-H是吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-10-6 13:32:26

高处裹棉被发表于 2022-10-6 13:00
谢谢老师解答，也就是说以C-O-H为例，

hbonds只约束O-H间距离，而all-bonds约束C-O，O-H间距离，还有 ...

记错了，all-bonds是只约束键长，不约束键角
https://manual.gromacs.org/docum ... tml#mdp-constraints

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-6 20:33:58

用constraint=hbonds就够了，不要用constraint=all-bonds约束所有键长，论坛里我说过多次，首页google框能搜到

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[GROMACS] 请问对于与氢相关共价键，约束hbonds和all-bonds等价吗？