模拟前进行pr.mdp时，显示分子距离大于截断cut-off距离

欢乐多 · 发表于 Post on 2024-5-5 12:58:10

本帖最后由欢乐多于 2024-5-5 13:39 编辑

gmx grompp, version 2022.6对RNA分子

7rq8_101_gmx.rar (1.11 MB, 下载次数 Times of downloads: 2) 进行模拟，使用amber14sb_parmbsc1.ff力场，模拟前进行pr.mdp

pr.mdp (665 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 11) 时，显示分子距离大于截断cut-off距离，错误显示如下：
ERROR 1 [file pr.mdp]:
  The largest distance between excluded atoms is 1.905 nm, which is larger
  than the cut-off distance. This will lead to missing long-range
  corrections in the forces and energies.

在[molecules]部分未检查出问题，
进一步检查在进行设定溶剂盒子和能量最小化，发现在能量最小化过程有RNA分子中有链断开，有碱基跑出来

正常RNA分子

能量最小化后的RNA分子
请教有经验的老师，该如何处理？谢谢

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[GROMACS] 模拟前进行pr.mdp时，显示分子距离大于截断cut-off距离

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