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[Sobtop] sobtop软件元素数据分组求助

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Sob老师,我在用Sobtop软件生成Gromacs的输入文件,想用gromacs里的freeze功能,但是无法区分不同的数据组,因为sobtop软件生成的元素默认为1MOL组。所以想请问一下社长,sobtop软件里哪个参数是调节数据分组的?

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发表于 Post on 2022-10-20 15:18:57 | 只看该作者 Only view this author
我不知道你想做什么,到底想冻结什么部分,完全看不懂你的意图。冻结要在mdp里指定组,组通过索引文件定义组包含的对象,跟sobtop没什么直接关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 19:27:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 15:18
我不知道你想做什么,到底想冻结什么部分,完全看不懂你的意图。冻结要在mdp里指定组,组通过索引文件定义 ...

社长,我的意思是不会用sobtop定义组的名称。每次生成的组类型只要1MOL一种。

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发表于 Post on 2022-10-20 23:46:59 | 只看该作者 Only view this author
小雷森 发表于 2022-10-20 19:27
社长,我的意思是不会用sobtop定义组的名称。每次生成的组类型只要1MOL一种。

定义组跟sobtop毫无直接联系,不要把无关事物联系在一起

自己手写索引文件,或者借用make_ndx等方式帮助创建

说不定你都没有正确理解sobtop是干什么的
不要以为sobtop是直接拿来创建多分子复合物的工具,FAQ里都写明了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-23 09:37:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 23:46
定义组跟sobtop毫无直接联系,不要把无关事物联系在一起

自己手写索引文件,或者借用make_ndx等方式帮 ...

好的,谢谢社长

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