求助，研究金表面吸附之后，与蛋白质相互作用的分子动力学模拟，该如何入手

qingqingdong

将金固定，使金的某一面与别的离子相互作用（如CI-，SO42-等），之后再与蛋白质相互作用的分子动力学模拟这是我最近开始研究的，由于没有人指导，有点难上手，现有以下几方面问题：
       1、用什么软件最合适（之前一直用NAMD，不知道适不适用）；
       2、固定金，使金的某一面----这里需要怎么做；
       3、金吸附以及之后与蛋白质相互作用用到哪方面的知识麻烦告知一下我着重研究；
       4、做完模拟要研究哪方面参数，如结合自由能是否有必要研究；
由于分子动力学以及各种软件各种参数博大精深，有点不知该如何入手，请各位大神指教

wzkchem5

这个蛋白有巯基吗？如果有的话，吸附会涉及S-H键断裂，需要用比如说QM/MM方法或者反应性力场（不过估计很可能没有适合这个体系的反应性力场），而且假如S-H键断裂比较慢，比如慢于1ns的话，可能需要metadynamics。如果没有的话，这个吸附大概率不涉及共价键的形成和断裂，会容易一些

sobereva

计算金团簇与有机物、多肽的相互作用文章很多（包括量子化学和分子动力学模拟），建议先多搜搜，搞清楚到底希望以什么手段、什么角度去研究。尤其是研究的内容是否涉及化学键形成/断裂，这直接决定了用的方法和使用的程序
碰到一个不熟悉的新问题，特别是自己尚不清楚研究手段的情况，总是要先搜前人的工作。

qingqingdong

wzkchem5 发表于 2022-10-8 15:31
这个蛋白有巯基吗？如果有的话，吸附会涉及S-H键断裂，需要用比如说QM/MM方法或者反应性力场（不过估计很可 ...

感谢回复，现在还在研究金如何吸附，还没做与什么蛋白，，，我再调研一下

qingqingdong

sobereva 发表于 2022-10-8 19:40
计算金团簇与有机物、多肽的相互作用文章很多（包括量子化学和分子动力学模拟），建议先多搜搜，搞清楚到底 ...

明白！感谢解答