课题组需要购置计算集群，请各位老师帮忙看下配置是否合理，谢谢！

dulit · 发表于 Post on 2022-10-18 15:12:02

各位老师好，课题组打算采购服务器集群，预算100万以内，主要用AMBER、NAMD，Gaussian，还有做些真菌基因组分析。请帮忙看下下面的配置是否合理，谢谢！

abin · 发表于 Post on 2022-10-18 15:43:59

原来商业部署费用这么高呀?
看来, 我调试一套10节点集群+IB网络, 要了几千元, 太亏了.

这套集群, 可能有一个严重的问题,
那就是I/O短板.

当前配置, 显然I/O是走网络的.
如果配置描述万兆双口, 是传统的10GbE的话, 其实也就那样了.
或者使用的是25GbE, 但是无论如何, 都是以太网.

I/O走网络, 还是用IB吧. 以太网延时较高的. 如果你的计算有比较多的I/O的话, 效果很糟糕.
别听外行给你讲, ROCE效果很好的, 都是扯犊子.

高性能领域, IB是正确的选择, 就是贵.

其他硬件搭配, 是曙光, 浪潮等商家的传统配置策略, 如果变更, 代价很高的.
显然, 内存搭配, 不太适合.
GPU节点也需要16个内存条的.

其实, 可以考虑, 采购一台多卡GPU机器.
比如安装4个或者8个GPU.
其他机器都做纯CPU节点.

机器具备远程IPMI管理, 才是最有用的,
KVM这种, 没啥太大用处.

另外, 存储, 如果是做GPFS或者其他的并行文件系统,
还有点意义.
如果是单纯的磁盘阵列的话, 那就太鸡肋了.

不评价价格.

另外, 我听闻4090系列, 因为会把自己热死了, 取消出售计划了.

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-18 15:52:57

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-10-18 15:55 编辑

abin 发表于 2022-10-18 15:43
原来商业部署费用这么高呀?
看来, 我调试一套10节点集群+IB网络, 要了几千元, 太亏了.

RTX4080 12GB由于“名称不合适”取消发售。RTX4090没有取消，据小道消息称是第一批的vbios有问题，全面返工，所以至今难以买到。

另外，一般的服务器电源以及散热都无法支持4块RTX4090

dulit · 发表于 Post on 2022-10-18 15:53:07

感谢您的指点，还有个厂商给了如下配置：

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-18 15:57:54

dulit 发表于 2022-10-18 15:53
感谢您的指点，还有个厂商给了如下配置：

A40已过时，应当使用L40。价格无法评价

abin · 发表于 Post on 2022-10-18 15:59:32

Entropy.S.I 发表于 2022-10-18 15:52
RTX4080 12GB由于“名称不合适”取消发售。RTX4090没有取消，据小道消息称是第一批的vbios有问题，全面返 ...

我看到的信息是
Nvidia RTX 4090 Ti is reportedly cancelled due to melting itself.

abin · 发表于 Post on 2022-10-18 16:02:49

dulit 发表于 2022-10-18 15:53
感谢您的指点，还有个厂商给了如下配置：

依旧I/O是短板。

我又不卖这个东西。
商家也不负技术咨询费。

你们自己看着买就行了。
肯定能用，
至于用得爽不爽，就不一定了。

这家是浪潮的配置吧？

东西交付后，如果感觉不爽，
比如卡顿，商家肯定说，
你花钱换存储换网络吧。

dulit · 发表于 Post on 2022-10-18 16:04:59

对，第二个是浪潮给的报价，感觉价格太高了。

abin · 发表于 Post on 2022-10-18 16:14:08

你可以自己动手修改配置，
看看戴尔同样的配置，
需要多少钱，

你在哪个页面停留一会儿，会有人主动联系你的。

商用服务器就是这么贵呀。
本来，浪潮就是价格偏高的。

dulit · 发表于 Post on 2022-10-18 16:19:52

嗯，我现在就是在看这些配置，还没上报给学校最终的参数要求。下面是戴尔的报价，总价120万

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-10-18 16:23:50

dulit 发表于 2022-10-18 16:19
嗯，我现在就是在看这些配置，还没上报给学校最终的参数要求。下面是戴尔的报价，总价120万

A30跑AMBER、NAMD非常的垃圾。虽然你们富得流油，但我还是想说一句，最好别把钱花在刀把儿上，到时候花了上百万可能还不如别人十万的单机跑得快。

biogon · 发表于 Post on 2022-10-18 16:32:07

dulit 发表于 2022-10-18 16:19
嗯，我现在就是在看这些配置，还没上报给学校最终的参数要求。下面是戴尔的报价，总价120万

这个cpu配的还算是正常，比前面两个阴间配置好多了，计算节点配阵列卡干嘛，gpu节点更是不需要那么多内存

dulit · 发表于 Post on 2022-10-18 16:32:21

感谢您的建议，我不太懂硬件，所以需要参考各位的意见上报参数。这几个厂商给的配置感觉都有问题。其实也不一定要配置存储，因为之前用过曙光的，存储一个硬盘出现坏道，结果整个管理节点都不能用了。如果不配置存储的话，数据是怎么存放的？是不是每台计算服务器配置大容量的硬盘就可以。

abin · 发表于 Post on 2022-10-18 16:34:56

如果用不到多节点并行，
那就万兆以太网就可以了。
这个时候，存储就是放数据而已。

可以使用https://hpc4you.github.io 提到的local I/O集群方案。

dulit · 发表于 Post on 2022-10-18 16:37:57

应该是不会用到多节点并行，感谢您的建议

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[配置讨论] 课题组需要购置计算集群，请各位老师帮忙看下配置是否合理，谢谢！

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