求助:跑ACN液体，密度图像很奇怪

zhouyi · 发表于 Post on 2022-10-12 20:18:48

各位老师好，
新手求帮助，跑乙腈ACN学习gromacs使用时，使用avogadro生成的分子，力场文件是根据文献自己写的，mdp文件是用的教程里的。
奇怪之处在于都是同样的文件，第一次跑出来的密度经过短时间即可收敛于正确值，隔天算扩散系数发现不成直线，于是重新跑就跑不出原来的密度曲线了，变成了这样子

其中改变mdp文件的温度压力耦合时间常数，将其从3改成4，就变成了这样

这应该怎么解决呢？

prd.mdp (788 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

run.gro (207.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

topol.top (123 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

ACN-box.gro (135.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-13 13:59:55

拓扑文件莫名其妙，乙腈的[moleculetype]都没体现出来
甭用那么大的tau-t和tau-p。体系平衡前甭用N-H热浴和PR压浴，这都是动力学基本常识
上传的所有文件都自觉标清楚每个是什么

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[GROMACS] 求助:跑ACN液体，密度图像很奇怪

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