SDF/空间分布函数

tjuchan · 发表于 Post on 2016-5-15 22:04:54

采用MC跑出的结构，想分析分子周围某个原子的空间分布函数。由于结构文件（*.pdb）的格式问题，于是想自己编写计算SDF的程序。1、读取每个点坐标，固定不共线三点作为参考点，将它的坐标移动至原点，x轴和xy平面上。作为中心点；如图1（DMF分子，因为有二面角项，所以不可能所有分子都完美重合）
2、其它点随之变化坐标，采用周期边界将所有点转移到盒子内；如图2
问题是如何计算空间原子的密度呢？
已知空间各点的坐标，如何转化为cube文件呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-16 11:23:23

就把空间划分为大小相同的格子，统计每个格子内在整个轨迹中出现的粒子数目，然后除以格子体积和帧数，就行了。cube文件的格式参照
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[蒙特卡罗] SDF/空间分布函数