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[GROMACS] 模拟过程中,模型中膜+蛋白部分在盒子范围内发生明显移动,导致rmsd变化大的原因?

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各位老师好,在分析得到的rmsd结果时,发现在10ns附近,rmsd发生了明显的变化,我用vmd查看轨迹后发现,膜+蛋白质部分在10ns时,在盒子内发生了明显的上下移动,导致rmsd变化大。在随后的30ns时间里,膜+蛋白部分稳定在盒子中间,并且rmsd也已经收敛。我的问题是:模型中的膜+蛋白质部分在10ns时发生明显移动,是不是搭建的模型不合理,应该重新搭建?我是用charmm-gui搭建的膜蛋白模型。附上rmsd图和变化前后膜+蛋白在盒子内的位置。

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发表于 Post on 2024-2-28 23:58:09 | 只看该作者 Only view this author
算RMSD前做align消除整体运动,是否整体移动不影响结果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-29 10:39:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-28 23:58
算RMSD前做align消除整体运动,是否整体移动不影响结果

明白了,我试试看。谢谢sob老师的回答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-3 22:21:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CHJ2841666311 于 2024-3-3 22:42 编辑


sob老师,上面我提到的问题,我做了align还是会出现,并且,观察轨迹发现,膜+蛋白的上一帧还在中间位置,经过5帧左右,膜+蛋白就会下降到盒子底部,gromacs算出来的rmsd也是因为这样的整体变化而出现突然的变化,但是在后面还是收敛了?

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发表于 Post on 2024-3-4 07:07:33 | 只看该作者 Only view this author
CHJ2841666311 发表于 2024-3-3 22:21
sob老师,上面我提到的问题,我做了align还是会出现,并且,观察轨迹发现,膜+蛋白的上一帧还在中间位置 ...

trjconv结合-center让感兴趣的部分始终居中
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-4 10:29:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-4 07:07
trjconv结合-center让感兴趣的部分始终居中

好的,谢谢sob老师,我看看怎么弄。

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发表于 Post on 2024-3-6 12:40:09 | 只看该作者 Only view this author
楼主,-center以后结果怎么样了,个人还挺好奇的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 16:19:57 | 只看该作者 Only view this author
hf.li 发表于 2024-3-6 12:40
楼主,-center以后结果怎么样了,个人还挺好奇的

我操作了之后,还是同样的问题。

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发表于 Post on 2024-6-6 15:26:32 | 只看该作者 Only view this author
CHJ2841666311 发表于 2024-3-28 16:19
我操作了之后,还是同样的问题。

楼主你好,我的也是类似体系,脂质加蛋白质也出现了这样类似的在盒子里面的整体移动,我想请问这样的移动是否正常,是否会对模拟结果,如相互作用能,序参数产生影响,如果正常的话,有没有过去的参考文献,谢谢楼主

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发表于 Post on 2024-6-6 15:30:13 | 只看该作者 Only view this author
amdno 发表于 2024-6-6 15:26
楼主你好,我的也是类似体系,脂质加蛋白质也出现了这样类似的在盒子里面的整体移动,我想请问这样的移动 ...

如果不正常,可以消除,请问是怎样处理的呢

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发表于 Post on 2024-6-6 15:30:38 | 只看该作者 Only view this author
CHJ2841666311 发表于 2024-3-28 16:19
我操作了之后,还是同样的问题。

如果不正常,可以消除,请问是怎样处理的呢

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