求助分子扩散系数的计算

果果123

   在 http://sobereva.com/337  这篇帖子上看到  “有机分子在明胶中的扩散系数：J. Phys. Chem., 100, 5538 (1996) ”    问题一：这种计算扩散系数的方法 计算其他分子是否可行？例如：在乙腈溶剂中 V6O7(OCH3)12 是否可行？
    问题二：如何利用高斯对这个工作进行复刻，是否可以推荐一些相关的帖子？
    问题三：看到大部分都是采用动力学模拟对扩散系数进行评估，对于方法的选择，是否有一些评判的标准？

sobereva

计算各种描述符在下文里已经演示得足够充分了，例子都给了，举一反三，哪里有不懂的具体问
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337（http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html）
明显不是光一个Gaussian能做到的事，必须结合Multiwfn才能计算那些描述符

那些基于描述符的QSPR形式的预测方法适用范畴都是有明确限定的，必须和原文里参数训练集的情况足够一致

“方法的选择”指代不明，不知道你说的什么层面的问题，力场、程序、模拟手段还是其它什么

果果123

感谢sob老师回帖，我说的方法是指模拟手段，以及相应的使用程序。
比如 我要计算在乙腈中钒多金属氧醇簇的扩散系数 和原文的训练集不是同一类型化合物，我应该采用什么样的模拟手段，使用什么软件

sobereva

果果123 发表于 2022-10-18 16:47
感谢sob老师回帖，我说的方法是指模拟手段，以及相应的使用程序。
比如 我要计算在乙腈中钒多金属氧醇簇 ...

用GROMACS跑动力学模拟，基于根均方位移曲线根据爱因斯坦关系可得扩散系数。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里专门讲了怎么以这种方式算扩散系数，模拟涉及到的乙腈和钒多金属氧醇簇部分的拓扑文件都可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）构建。

果果123

好滴 感谢sob老师回帖 我这就去学习 万分感谢