公社群聊Q&A整理：2016.05.12 00 ~ 2016.05.14 22 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-19 14:05:15

本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-5-20 01:22 编辑

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2016.05.11 23:44:47
Q:
都是1s轨道，难倒1s轨道的系数就应该一样吗
那为什么指数可以不一样呢
谁知道，这个怎么回事？H和He sto-3g
[图片]
都是1s轨道，为什么H和He的指数不相同而系数相同
哇靠，我的问题被淹了，赶紧再发一篇
谁知道，这个怎么回事？H和He sto-3g
[图片]
都是1s轨道，为什么H和He的指数不相同而系数相同
A:
量化程序会自动做归一化，没关系
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2016.05.12 05:53:09
Q:
我发现，做oniom时，力场用amber,同时不给MM区原子指定电荷，这个时候反而容易收敛。可是不知这样做会不会对精度造成影响？
这么说来，不给MM区指定电荷也行？
我想，使用机械嵌入的话，不指定电荷也是可以的。
A:
不指定电荷明显不合理，相当于忽略了MM间和QM-MM间一切静电相互作用
Q:
sob大神都没有几篇讲QMMM的文章/可怜
sob大神都没有几篇讲QMMM的文章[表情]
A:
没什么值得单独写帖子的，这都是在我的培训班里讲
Q:
guassian 的oniom比较弱
A:
高斯oniom并不弱，是所有量化程序里对ONIOM实现得最好的。和Q-Chem比已经强多了，Q-Chem连电子嵌入都没有
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2016.05.12 16:54:02
Q:
老师，我计算了一个配合物，发现氧原子上的muliken电荷，和金属配位后反而更负了。按理说配位氧原子给金属提供电子，氧原子配位后电荷应该朝着更正的方向移动，请问这计算合理吗？@Sobereva
我U用的是大核赝势，不知道可否用multiwfn？
A:
别对大核赝势的原子做波函数分析
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2016.05.12 16:54:20
Q:
晚上睡不着，白天睡不醒
A:
y
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2016.05.12 16:59:46
Q:
请教一个问题，gaussian中周期性的实现。ppt260页，第一章ppt里说6-31G*基组可能会造成数值问题等等吧，但是后面石墨的例子怎么就选这个基组了呢？石墨应该不算有机体系吧？
A:
PBC计算用6-31G*没问题，6-311G*才会有时略有问题
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2016.05.12 17:05:48
Q:
molcas是不是没新版的共享？
A:
最新版的免费版就在molclus主页上
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2016.05.12 18:09:18
Q:
求教：有赝势的ORCA的输入文件如何写？谢谢！
求教：ORCA输入文件中用b3lyp方法，Cu用lanl2dz基组，C，H，N, Li用6-31g*的基组优化，这样书写正确吗？谢谢1[图片]
A:
手册里有例子
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2016.05.12 18:14:46
Q:
请问一下 CPU Intel 5650和AMD 6136那个更快一点
CPU Intel 5650和AMD 6136那个更快一点
是买超算中心的机时现在他们有两种CPU 要选一种使用
A:
用intel的。不过都是老的过时CPU了。
Q:
天梯榜为啥没有E7 8857v2[表情]
[图片]
弱弱地问一下这个节点怎么样[表情]
A:
8xxx系列都是很老产品了，这种8路货平时也没什么人用，Intel重点也不放在8路了
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2016.05.12 18:50:01
Q:
讲义中的例子应该都是可以在自己电脑上run的吧，不需要提到服务器上吧？
A:
大部分例子都是耗时低的小任务，自己电脑上就能很快跑完跑
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2016.05.12 19:16:59
Q:
[图片]vmd选择了fragment成这样了，还能不能把C H 用其他颜色标出来吗
恩
这是最小的
A:
可以，自行设着色方式即可
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2016.05.12 19:18:17
Q:
anou 有一个问题请教诸位大神
我做动力学，在气态下优化结构并频率分析，然后在溶剂化条件下算单点能最后应该把溶剂化下单点能＋频率分析校正得到自由能那么溶剂化下单点能应该用哪个数？
是这个 SCF Done: E(RM06) = -4393.02758752 A.U. after 9 cycles
还是这里的？
Self-consistent PCM results
===========================
<psi(0)| H |psi(0)> (a.u.) = -4392.902700
<psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)> (a.u.) = -4393.014941
<psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)> (a.u.) = -4393.027632
<psi(f)| H |psi(f)> (a.u.) = -4392.885792
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = -4393.027589
Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms (a.u.) = -4392.999489
应该是scf done=-4393.02758752吧
A:
用了scrf时候SCF Done的能量减去气相下SCF Done的能量
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2016.05.12 19:23:14
Q:
请教一个问题，原子电荷的计算，ppt196页最后一张，提到mulliken方法时，说到不能加弥散，如果是其他方法加弥散没有问题吧？
A:
电场下计算基组没任何特殊性
Lowdin、SCPA、Stout-Politzer等也不能加弥散。
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2016.05.12 19:32:50
Q:
在g09里，用PM6做bomd计算，发现8核和24核基本一样的速度，是两台不同的机器，虽然这么比较狠不对，但我还是觉得bomd的并行效率可能不高
多谢sob老师，那8核都是浪费啊，和单核一样的
可是我看CPU占用率，还是基本可以达到800%，但PM6又是串行，那CPU到底啥意思，骗我它们在吐血的吗
[图片]
吐血干活的吗
A:
甭管占用率多少，就看实际速度，一对比你就清楚了。哪怕是MOPAC，并行效率也没多高。
本身高斯的半经验就是串行的
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2016.05.12 19:40:58
Q:
老师，我优化单重激发态和三重激发态，用的这个关键词#p opt td=(50-50,nstates=6)
算出来明显和单算单重激发态有很大区别
A:
不要这么写，莫名其妙，到底是优化哪个态都没指定清楚
Q:
我本来想通过这个方式同时得到荧光和磷光的信息
A:
没法同时得到
本来T1和S1结构都不一样，一次只能优化一个
Q:
好的老师，用这种方法反而得到的结果和实验符合的很好，看来是白兴奋了
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2016.05.12 19:49:53
Q:
sob老师，请教下[图片]图中点的密度是不是能反应弱作用的强度
A:
和密度无关
Q:
那sob老师是不是就是说peak对应的坐标才能说明弱作用力的类型和强弱，那为啥我作图的时候都选择了3输出高质量的，但是出来的图里点有的比较稀疏有的比较密集
A:
和面积有一点关系，不用管它
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2016.05.12 19:51:19
Q:
sob老师，我还有一个疑问：在bomd里如果指定了某单分子的3条分解路径，得到的结果是不是只能是这3条里的某些条，@Sobereva
A:
什么叫某条？
Q:
我暂时采用的自动寻找路径的-1，因为分子内原子转移的路径没法分配片段
A:
分解方式可以有多种
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
[url=http://sobereva.com/126]http://sobereva.com/126[/url]
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2016.05.12 19:58:11
Q:
那这个方式优化的是T1还是S1，优化出来的S1和实验符合的好。但是通过 opt td优化出来的S1，明显和实验有偏差，@Sobereva
A:
甭这么优化，优化的是哪个根本说不清楚
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2016.05.12 20:25:03
Q:
sob老师好，我计算PED。出现如下[图片]，再输入什么？把test.log文件拖进去回车就会闪退。test.log是我linux系统计算的，但是这个软件我是在win7上运行的。谢谢老师
A:
就按照这个博文操作
Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介
[url=http://sobereva.com/75]http://sobereva.com/75[/url]
Q:
sob老师好，[图片]这个在哪？我搜索ar关键词没有搜到。谢谢老师
A:
输出文件末尾那一大串的靠头
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2016.05.12 20:34:52
Q:
老师好，基组的高低对计算homo-lumo gap的影响大吗？是用频率分析计算的小基组，还是要用计算能量的大基组重新优化和频率分析？
A:
对gap影响不大
6-31G*一般就够了
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2016.05.12 20:51:43
Q:
高斯算oniom效率怎么这么低下？？？
A:
并不低下。
关键看你怎么划分和用什么级别来算
Q:
我四周边缘共有二十个原子，用HF/6-31g；核心区域有20个原子，用B3LYP/6-31g++。在oniom之前，我这个结构用HF/6-31G优化过的。
A:
太糟糕了
用混合基组，B3LYP，关键区域6-31G*，不重要区域3-21G足矣，别用ONIOM
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2016.05.12 21:29:27
Q:
请问NTO分析是不是只能做单重态的，density=transition=2是不是就是指S0-S2。是因为禁阻，所以不考虑Triplets吗？
A:
三重态也可以
这和振子强度多大无关
Q:
我激发态把T和S各算了15个，然后，我对S1做NTO分析，第一，第二激发都是三重态，第三个激发态才是s0-S
[图片]
所以我在NTO分析时，density=transition=3，应该是这样吗？
A:
分析哪个transition就选哪个
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2016.05.12 21:32:36
Q:
咨询一下sob老师，使用freq=intmodes，得到的这个[图片]这个value的数值代表什么？变化量？谢谢老师
A:
组合系数
正则坐标可以写为内坐标的线性组合
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2016.05.12 21:54:26
Q:
各位老师好，我想问一下对于分子内的反应，假设是一个单线态的分子，是否只需要考虑到HOMO轨道的重新排布，而与LUMO轨道关系甚微。
A:
分子内反应和HOMO、LUMO本身也没直接关系
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2016.05.12 21:54:26
Q:
sob老师，比如双自由基激发态，这种可能是双电子，有无好的方法表述？gaussian中？
A:
表述什么？双电子激发特征的话就看双激发组态函数的贡献
Q:
tddft不是单电子激发么，如果体系双电子，这样计算的时候就不准确了
有无好的方法呢。
A:
用EOM-CCSDT、CISDT、多参考方法等等
一般常用CASPT2
Q:
嗯。caspt2只能计算激发能吧。gaussian，不能给出uv
A:
CASPT2也可以给出振子强度
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2016.05.12 22:21:24
Q:
[图片]请问这种图可以怎么做。
A:
做二维势能面扫描，然后surfer、sigmaplot绘制
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2016.05.12 22:38:22
Q:
如何让gaussian09 输出各类积分
A:
*IOp(3/33=1) 输出单电子积分、核哈密顿、势能、多极矩/重叠积分矩阵(overlap那项)。=3用标准格式输出双电子积分，=4用debug格式输出双电子积分（对半经验无效）。=5相当于1、3联用，=6相当于1、4联用。（注，要想输出双电子积分，光写这IOp是没用的，还得写extralinks(L316) scf=conventional noraff）
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2016.05.12 22:43:55
Q:
哪位知道vmd里怎么把两个分子设置成不同颜色吗
A:
用selected atom来选择原子范围，建立不同的representation，设定不同的coloring method
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2016.05.12 22:48:41
Q:
sob老师，如果计算[图片]这样一个体系的反应过程，OH自由基对各个位点的进攻，除了一个一个位点计算，做到穷尽以外，有没有其他较好的方法？譬如搜索等
A:
算平均局部离子化能、福井函数f0等等指标也可以考察
Q:
您的意思是考察进攻哪个位点比较利于反应，是吧
Multiwfn可以做，是吧
A:
是
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2016.05.12 23:05:40
Q:
请问sob老师，我想要编程调用Multiwfn，在计算格点数据之后依次输出x，y，z三个分量的性质。但是Multiwfn对这三个分量文件的默认文件名是相同的，所以用inputstream模式的话（比如.....10,1,10,2,10,3），后面输出的cube会把先输出的覆盖掉。有什么解决办法实现三个cube的并存？或者我的程序上，在Multiwfn运行期间怎么能pause一下，让我把输出的cube先重命名？
A:
你用Multiwfn计算的是什么属性？
Q:
[图片]是这个，sob老师
A:
那你就改下代码，很简单，也就增加几行的事
Q:
输出分别以xyz标记的名字倒是不难，但是我得研究研究您的代码~[表情]谢谢老师，我先看看~
A:
[图片]
改excittransana.f90里的1335行
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2016.05.12 23:10:27
Q:
sob老师，我有两个关于弱相互作用的小问题。（1）我想比较一下一个大分子A中不同含氧官能团和水分子B形成的氢键的大小。但是在优化的过程中，由于大分子中各基团离得比较近，发现很多情况下，水分子中的H和O分别与这个大分子不同位点形成了氢键。如图，本意是求羧酸的O与水分子形成的氢键，结果水分子不但与羧酸形成了氢键，也与旁边甲基也形成了氢键。这样求出来的羧酸与水分子的相互作用能是不是不准确，因为受到水分子与其他基团作用的影响，这样就没法作为定量参考了？（2)如果无法做到定量比较分子A中某单个含氧基团与水分子的氢键大小，那么可不可以换个思路：在可能存在的A-B复合物中，在相同的计算水平下，比较不同A-B复合物的能量大小，能量越小则越稳定，说明这个位点与水分子结合力越大，再基于RDG填色图做一些的定性分析。
[图片]
有没有相关资料啊，分子力学没学过
主要我这分子构建得，含氧基团都靠得太近，一个水分子放进去优化，往往会形成好几个氢键
所以要么单纯用一个小分子和水分子的氢键作用来说明，或者就在大分子上定性分析？
A:
你可以做AIM分析，根据相应氢键的BCP的势能密度估算出那个O-H---O氢键的能量。
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2016.05.13 00:45:11
Q:
在算反应能垒的时候，可以用电子能量求差，也可以用自由能求差，二者的具体区别是什么呢？
频率算出来的是自由能？
A:
看你最终目的。如果最终是要和反应速率挂钩，那就看自由能垒，因为这个直接代到TST公式就能算k。如果只是粗略估计一下自由能垒，或者是绘制energy profile图，就算电子能量就行了
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2016.05.13 00:56:02
Q:
我想咨询下卢老师，科音可以修改计算文章吗？分子动力学的，看看我们的文章需要补什么数据，有什么错误可以投什么样杂志
收费是什么样
A:
可以发给我看一眼
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2016.05.13 01:23:57
Q:
老师好，gaussian 如何用caspt2 计算uv
A:
高斯不支持CASPT2，通常这是用molpro、molcas来做
高斯里支持的多参考二阶微扰叫OVB-MP2，很少有人用
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2016.05.13 01:52:26
Q:
sobereva老师他们要开量化高级班.
你们赶紧报名参加吧..
A:
这事还早，可能都得后年
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2016.05.13 01:53:19
Q:
sob老师，那第二个问题呢？在可能存在的A-B复合物中，在相同的计算水平下，比较不同A-B复合物的总能量大小，能量越小则越稳定。这样说有没有意义？@Sobereva
A:
有意义
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2016.05.13 01:54:20
Q:
好的，局部区域RDG填色图也是可以定性分析的吧
A:
对
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2016.05.13 01:54:28
Q:
哦哦，蒙了，那就是优化和能量计算都需要加D3吧
A:
是
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2016.05.13 01:55:59
Q:
我也请教Sobereva个问题，molpro cas，用小基组算的cas轨道很好辨认，很好调，用大基组之后就不行，虚轨道认不出来. 有啥好方法
A:
CAS初猜轨道往往拿小基组生成
基组大了虚轨道形状就变得复杂，化学特征就容易被破坏
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2016.05.13 02:19:26
Q:
请教一下sob 老师，在Kisthelp做过渡态理论计算一节的甲烷氢抽取范例中，注意到反应物2对应的H.gif 中用关键词freq ,但只有一个H原子是否就没有势能面的概念了，直接算单点能即可? 再一个问题是，我考虑以这个范例算一下碱金属组从甲烷的夺氢反应，但基态（nS）对应的能垒较高，能否在Gaussian 里处理激发态的原子，比如 K(3P)+CH4->CH3+KH? 谢谢!
A:
一个原子在kisthelp里涉及时也得算freq。有平动、电子简并度对热力学量的贡献。
可以考虑激发态原子，对原子做freq的时候保证波函数是收敛到激发态波函数即可。
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2016.05.13 02:43:48
Q:
老师，请教一个找过渡态的问题，我对过渡态做了irc得到了楼梯一样的图（下图），是不是证明反应路径猜错了
[图片]
A:
也不能算错。极个别势垒很低的反应IRC就是势垒特别浅，以前我算过一个配合物脱N2的反应也是这样
Q:
老师，谢谢，我算的结果是过渡态自由能(频率分析输出文件)比反应物的还低0.25kcal/mol，这样的情况有可能吗？
A:
电子能垒很小的情况，自由能垒可能为负。这个培训中也提到过
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2016.05.13 02:50:24
Q:
老师，汪俭雄和何帆的发票给寄出来了吗？
A:
两三天内寄出
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2016.05.13 03:11:23
Q:
写激发态原子时是用什么表达方式写入文件呢?在高斯帮助网站找不到例子，麻烦卢老师就K(4P)为例给点提示。[表情][表情][表情]
A:
通过调换轨道让HF/DFT计算时波函数收敛到激发态。讲义里面单点能那个部分最后讲了怎么调换轨道
----------------------------------------------------
2016.05.13 03:12:12
Q:
计算两个分子之间的相互作用能，deltaE=E（AB）-E（A）-E（B）；用SCF done的能量算出来是负值，说明是两个分子之间有吸引作用，但是用free energy算的话，得到的是正值，说明两者之间没有作用。这是怎么回事呢，要怎么做呢
sob老师，这是由于什么导致的呢，是不是说明这个deltaE没有意义了
A:
说明熵的影响很明显
正常情况。
水形成二聚体也是自由能为正，不自发，但是电子能量会降低，并且焓也为负值（放热）
----------------------------------------------------
2016.05.13 03:14:46
Q:
[图片]
gromacs 怎么就这几个命令?
A:
gmx5就这样，原先一大堆子程序都合到一起了
我并不认为gmx5这个改变有任何好处
Q:
对，我编译的是 5.1.2
那原来的工具怎么用？
A:
诸如
g_bond -> gmx distance
g_sas -> gmx sasa
g_sgangle -> gmx gangle
g_energy -> gmx energy
Q:
我想生成溶剂 box ，没有 genbox ， editconf 等命令了
[url=http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577]http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577[/url] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索, 您这个教程对于 5 ，好像不太适用
A:
[url=http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0]http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0[/url]
----------------------------------------------------
2016.05.13 03:31:25
Q:
sob老师，multilwfn得到rdg图不是规则的没事儿吧像这样[图片]@Sobereva
250多原子
A:
挺规则的
----------------------------------------------------
2016.05.13 03:35:05
Q:
请问大家，请问讲CI ，CC的教材还是Szabo的那本最好么？
[表情]看的是一本
youtube上有讲课视频，讲的挺好的，墙内没找到
[图片]
A:
szabo的深度不算特别深，更全面的看Molecular Electronic-Structure Theory(Helgaker)
----------------------------------------------------
2016.05.13 04:03:39
Q:
有开gaussian补习班的么？
A:
高斯主要是在基础班里讲
----------------------------------------------------
2016.05.13 04:18:49
Q:
请问老师，如果一般只是简单判断反应的难易程度，用电子能量求差就可以了。这里的电子能量j就是输出文件的那个HF的值嘛 ?
A:
看你用的什么方法。电子能量就是指单点能，怎么读单点能在培训中“单点能的计算”里面介绍了
----------------------------------------------------
2016.05.13 05:16:49
Q:
求个vmd可用的脚本，以便得到某两个原子间距离在轨迹中的变化情况
A:
点数字键2，再点两个原子，然后直接在graphics-label里面就可以看
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2016.05.13 05:37:15
Q:
老师们打扰了 [图片][图片]老师打扰了，就是我想把其中另一个极小点去掉，我选择了功能3去掉极小值的范围，我应该输入范围应该多少呢，老师
A:
你先看你感兴趣的那个极小点数值是多少，然后输入范围的时候把其它极小点的数值给扩住
----------------------------------------------------
2016.05.13 06:02:19
Q:
sob老师，激发态做柔性扫描关键词比基态多加一个td就行了吗？泛函和基组一定要和优化时一样吗？@Sobereva
A:
是。后半句没弄明白，柔性扫描本身就是限制性优化
Q:
激发态柔性扫描时用的基组和泛函必须和优化激发态时用的一样吗？
A:
激发态柔性扫描本身就会优化激发态
----------------------------------------------------
2016.05.13 07:11:27
Q:
sob老师，我要研究一个单电子转移反应，记得您课上有提到电子能垒很高的时候，可以通过量子遂穿效应到达产物态。请问有哪些经典的文献有报道这类研究
A:
电子转移和电子能垒是两码事。
电子转移问题一般用marcus理论讨论
Q:
谢谢sob老师，也就是说氧化还原这类的反应都适合用marcus理论吗？
A:
看具体问题
电子转移过程的速率、形式上的电子转移“势垒”都可以靠这个考察
----------------------------------------------------
2016.05.13 07:34:48
Q:
scf=symm除了帮助收敛之外，还有什么其他效果么
A:
不要写它，起不到帮助收敛的作用
----------------------------------------------------
2016.05.13 08:07:44
Q:
[图片]请问这个出错在哪里？
A:
贴关键词
----------------------------------------------------
2016.05.13 15:50:58
Q:
sob老师，对于这个开壳层体系，如果要找LUMO轨道的话，该是109A呢还是104B？另外，如果我想说明这个体系很容易发生内部电子转移，就是氧化还原反应，该怎么处理呢？
[图片]
好的，谢谢啦
A:
非限制性计算没法说HOMO，只能说alpha HOMO和beta HOMO
----------------------------------------------------
2016.05.13 19:56:30
Q:
请教个问题，服务器上，formchk命令报错
[图片]
Missing data for FChkPn
老师，你好，这个原因是我的文件的问题，还是系统的问题，要重新算吗？
A:
重新算个单点得到chk文件
----------------------------------------------------
2016.05.13 22:26:50
Q:
[图片]
这东西怎么改啊？
请教各位大神
A:
去BIOS里打开VT-x
----------------------------------------------------
2016.05.13 22:50:49
Q:
想问一个问题，跑IRC的话，这个势能面是自由能势能面还是电子能势能面？
那跑了irc的话，只能从结构上判断给出的反应物对不对，
老师说过结构对能量的影响没有那么大，都是建议低精度方法优化结构，高精度方法计算单点得到电子能，然后再加上校正量得到自由能，所以我觉得你这种猜测不太合理@张建颖
A:
严格意义的过渡态是自由能面上的，但我们实际计算时候都是电子能量面（一般说的势能面）上的。
获得自由能面上的过渡态极为耗时，必须计算大量点的自由能拟合成解析函数才能得到，一般体系做不到这一点。或者近似的做法就是先找IRC，然后去计算上面每个点的自由能，然后找最大点。
----------------------------------------------------
2016.05.13 23:26:08
Q:
咨询一下老师，如何将两个苯环在Z方向上扫描，也就是讲义上P169页，最下面那样的图？
我在高斯view中画出了两个苯环，x和y都相同，只有z不同，然后怎么书写输入文件的命令行，让他们随着Z距离的增加，做扫描？谢谢sob老师@Sobereva
不太懂，如何把z写成一个变量？N2应该好实现，但是对于多原子分子呢？谢谢
A:
就扫描其中一个苯环的z就行了，用ultraedit的列编辑模式，把z坐标都替换成相同的变量名并且扫描
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2016.05.14 05:02:28
Q:
请问，用multiwfn能做原子电荷差吗？找手册没有找到
我想将它可视化出来，要怎么做呢
A:
可视化的必须是函数，诸如密度差。原子电荷没法可视化
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2016.05.14 05:52:33
Q:
我看完了，EMSL基组数据库是自定义基组的时候才用得到，使我们有特定需求的时候才用得到，比如要给某个原子多加个弥散函数什么的，平时基组没那么复杂的时候用不到。我这样理解对吗？
A:
高斯自带了大多数常用的基组。有些少数问题专门适合的基组，或者一些较新的基组，或者小众向的没有，此时必须从EMSL上拷
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2016.05.14 06:30:40
Q:
虚拟机伤电脑..感觉.
硬件消耗都双倍的啊
我笔记本8个核..16GB内存..装虚拟机的话，分了2个核和4GB内存过去..
风扇那个响啊..
我也不知道这是啥问题,,然后就没用虚拟机了..
A:
肯定没properly安装和配置虚拟机
当年单核机子都拿vmware虚拟机跑计算
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2016.05.14 06:45:02
Q:
我在算过渡态，b3lyp/6-31＊下没问题，但是换成大机组，就算不出了，请问，有关过渡态的计算，大小机组差距大不大？
A:
一般6-31G*足矣正确定位过渡态。如果势垒不是很小的话，换大基组理应不会找不到过渡态，找不到也多半是操作技术上的原因。
Q:
利用b3lyp/6-31g＊产生的波函数，利用multiwfn分析aim rdg等是否可靠？
A:
可靠
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2016.05.14 06:55:08
Q:
在问一下大家，用M062x做优化的时候，速度和基函数大约是什么样的级数关系，我发现240个基函数的速度大约是120基函数速度的四分之一
A:
DFT计算看的是GTF数目而不是基函数数目，GTF才是直接决定计算瓶颈---双电子积分的因素
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2016.05.14 07:02:20
Q:
请问，multiwfn能不能画出5个d轨道上电子的占据的pdos图
[表情]
我看手册上介绍multiwfn只能将５个ｄ轨道整体积分，而不能显示出５个ｄ轨道各自的积分图像，是这样吗老师
A:
可以，定义片段，把那个壳层加进去即可
想考察各自的就把各个d基函数定义为不同片段
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2016.05.14 07:48:50
Q:
大家好我想构建一个分子的opls-aa 力场，有没有什么软件可以做出力场的参数？
A:
什么叫做出力场参数？力场参数是力场本身就定义的，只能说获得有oplsaa力场参数的某个程序的拓扑文件
Q:
对我是这个意思有什么软件可以做吗我用TPPmktop 做出来的不对
A:
[url=http://www.aribeiro.net.br/mktop/]http://www.aribeiro.net.br/mktop/[/url]
Q:
mktop 需要提供电荷我只有pdb文件 @Sobereva
A:
电荷自己搞
Q:
有什么软件可以做吗 [表情] 其实我的专业离这些东西十万八千里都是被项目逼的[表情]
A:
用antechamber等程序算RESP电荷，或者用Multiwfn算ADCH电荷，或者用CHELPG电荷
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2016.05.14 08:04:03
Q:
谢谢老师，审稿人要是问为什么过渡态比反应物自由能低，就像马同学说的解释给他：因为找到的过渡态就是电子势能面上的过渡态，但是加了自由能校正以后，并不一定是自由能面上的过渡态，所以会出现过渡态的自由能低于反应物，这样可以吧？
A:
[图片]
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2016.05.14 12:08:52
Q:
在ORCA Input Library的双杂化泛函部分，其计算使用RIJCOSX 加速但却使用了适用于 RI-JK 的 def2-TZVP/JK 辅助基组，而不是适用于RI-J和RI-JCOSX 的 def2-TZVP/J，为什么？
[图片]
（[url=https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/dft/double-hybrid-dft]https://sites.google.com/site/or ... t/double-hybrid-dft[/url]）
A:
/JK比/J更大，所以这么用也无妨，精度更高一些，但没必要效仿
----------------------------------------------------
2016.05.14 16:06:35
Q:
请教sob老师及其他老师同学。本身不是搞结构的，请问用计算模拟的手段大致解析一个蛋白质的结构是否可行。另外，能不能请sob点评一下清华大学搞蛋白结构的那帮老师的工作（任何方面都可以，非常想听听大神的见解）？
我也觉得可能不可行。要不然的话，国内解析蛋白质结构的也不会几乎只有清华能做了。
A:
光靠计算，只能通过同源模建方式建立结构，前提是有同源性较高的蛋白的已测得的结构。从头建立方式（不依赖于同源蛋白）也只能建立小肽的结构
大的蛋白光靠计算不可能正确预测结构
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2016.05.14 16:31:45
Q:
老师，我在做IRC计算的时候出现这样的问题应该怎么解决呢？[图片] 谢谢老师
A:
IRC里写LQA
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2016.05.14 17:29:36
Q:
[图片]用个GView查看HOMO轨道，出现这样的错误，怎么办，谢谢？
Executing File Editor =>
"C:\Program Files (x86)\Windows NT\Accessories\WORDPAD.EXE" "C:\Users\hp\Desktop\lcb_1_opt_ECD.fch"
File Editor Job Completed (PID = 6460, status = 0)
Executing Gaussian Cubegen =>
"E:\G09W\cubegen.exe" 0 mo=59 "C:\Users\hp\Desktop\lcb_1_opt_ECD.fch" "E:\G09W\Scratch\gv-5_14_2016_09_35_22\wu50i.cub" -2 h
Data for Alpha MO coefficients on fchk file has wrong length[表情]pe:
IsReal=T GotReal=T NReq= 288369 NGot= 287832.
Error termination via Lnk1e at Sat May 14 09:45:54 2016.
Cubegen Job Completed (PID = 7fc, status = 2057)
Running Cubegen Series Job...
Executing Gaussian Cubegen =>
"E:\G09W\cubegen.exe" 0 mo=59 "C:\Users\hp\Desktop\lcb_1_opt_ECD.fch" "E:\G09W\Scratch\gv-5_14_2016_09_35_22\05uipz.cub" -2 h
Data for Alpha MO coefficients on fchk file has wrong length[表情]pe:
IsReal=T GotReal=T NReq= 288369 NGot= 287832.
Error termination via Lnk1e at Sat May 14 09:48:32 2016.
Cubegen Job Completed (PID = c08, status = 2057)
Executing Gaussian Cubegen =>
"E:\G09W\cubegen.exe" 0 mo=60 "C:\Users\hp\Desktop\lcb_1_opt_ECD.fch" "E:\G09W\Scratch\gv-5_14_2016_09_35_22\1k6m0s.cub" -2 h
这是再次查看的结果
Data for Alpha MO coefficients on fchk file has wrong length、type
.out 文件还是fch文件？
A:
fch文件有毛病或者cubegen有bug。改用multiwfn看，或者重新算一遍产生fch文件再试
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2016.05.14 17:49:43
Q:
请问CDFT、ELF、AIM、NBO方法可以用于开壳层（如自由基）体系吗？
A:
可以
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2016.05.14 17:53:40
Q:
%chk=Sc6F2.chk
%mem=5000MB
%nprocshared=8
# mp2/SDD opt(cartesian) freq convergence=4
Title Card Required
Sc -1.03061189 2.42440420 0.10042456
Sc -1.08318692 0.42272646 2.11677009
Sc 1.05624883 0.38522853 0.12409547
Sc -1.03624234 -1.59259988 0.07475718
Sc -1.07310888 0.43231611 -1.93235458
Sc -3.16781170 0.38942248 0.11323958
F 3.04684184 0.38294380 -0.21932014
F -5.15680152 0.39307759 -0.23933115
老师我想问一下我的输入文件哪儿出错了为什么会提示这样的错误 Last state= "GCL"
TCursr= 3523 LCursr= 30
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/Gauss/Gauss09.D01/g09/l1.exe at Thu Apr 28 19:16:18 2016.
该怎么解决？谢谢老师
%chk=ZnF2.chk
%mem=5000MB
%nprocshared=8
# mp2/SDD opt(cartesian) freq
Title Card Required
0 1
Zn -0.88495577 1.26106193 0.00000000
F 0.94504423 1.26106193 0.00000000
F -2.71495577 1.26106193 0.00000000
那就是说虽然ZnF2正常结束了但结果是不对的是吗？
我能再问一下我这个应该怎么分开用两个基组算吗？您有类似的输入文件让我参考一下吗？太感谢了[表情]
A:
能正常结束不代表结果合理。
ZnF2这种小体系，F用TZVP，Zn用SDD或lanl2TZ(f)。或者索性都用更好的def2TZVP更准确
不要写什么convergence=4这种东西，一看就是听信别人误导被害的
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2016.05.14 19:02:21
Q:
请问一下gopenmol这个软件怎么调节视图页面的大小呢？谢谢各位指教
A:
[图片]
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2016.05.14 19:08:07
Q:
老师，最后拍的合影哪里分享？
A:
别急
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2016.05.14 19:12:05
Q:
谢谢！暑假还办量化培训班吗？
A:
有一定几率
Q:
[表情]暑假拉几个师妹来
老师对师妹不感兴趣了
A:
从来没感兴趣过
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2016.05.14 19:15:32
Q:
盼望能开动力学班和量化高级班，越快越好啦
动力学的那个培训大概定了日子了么？
A:
只能说今年
Q:
抱歉我也只是听说过可以做，但是一直不知道具体怎么做，是想请教您做法的，能告知一下吗？
哦不是7月？@Sobereva
A:
7月100%来不及
Q:
八月份差不多，不过也肯定靠后
A:
看幻灯片制作进度
不达到我觉得基本完美是绝对不会开班的
Q:
[表情] 本来还想着要是提前到6月最好
A:
不像某些利欲熏心的公司，随便凑凑幻灯片就开班坑钱了
Q:
[表情]话说昨天没回来，吉大理化所找来源资公司的工程师来讲MS2016了
[表情]八月末是最佳时机
A:
源资怎么可能讲MS？创腾代理的
Q:
总觉得7、8月份大家都放假时间正好往后推的话开学了，说不定有的人去不了呢
A:
暑假也有很多麻烦问题
学生放假回家、学生不想被导师强迫占用自己休息时间去学习、学校财务不干活等等
我不会为了赶档期而牺牲培训质量
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2016.05.14 19:21:17
Q:
[图片]请问这种图是用什么画图软件画的
A:
能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法
[url=http://sobereva.com/151]http://sobereva.com/151[/url]
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2016.05.14 19:22:01
Q:
CSB-QB3这种方法和MP2比哪个精度更好，我分不清那些方法间的关系，以及计算水平高低，求一些资料或链接学习一下。@Sobereva
A:
算热力学数据显然CSB-QB3甩MP2几条街
CBS-QB3
[图片]
MP2显然达不到下面标的精度
[图片]
----------------------------------------------------
2016.05.14 19:30:30
Q:
GAMESS用AIMPAC=.T.得到的文件multiwfn 打不开，64位系统
是要进行什么修改吗？
[图片][图片]这是提取的文件开头和结尾
A:
前面这些肯定不能要。可以参考其他wfn文件进行对比
Q:
好，我看看。文件末尾要改吗？
A:
不用
Q:
ccsd(t)是不是不能输出wfn文件？
A:
不能输出
Q:
那怎么能获得他的密度信息
用manual里面的转换fcHK文件的方法可以吗
A:
fchk那是对高斯而言的
如果用高斯，后HF计算的时候写density关键词，wfn里记录的就是相应的自然轨道
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2016.05.14 19:36:54
Q:
sob老师，你好，讲义第一页，第6张ppt里最下边提到的晶体结构生长形貌预测，这是通过什么模拟的嘞？@Sobereva
A:
Material studio里的Morphology模块
----------------------------------------------------
2016.05.14 19:49:13
Q:
请问最全的物化教材是阿特金斯的那本吧
A:
差不多
----------------------------------------------------
2016.05.14 19:52:05
Q:
我用DFT计算过渡态，再用MP2计算单点能以及零点能校正，我的分子是H4N4O4.您觉得这个怎么样？
A:
MP2精度<=合适的DFT泛函，这么搞一定被批
这么点分子单点直接上CCSD(T)/cc-pVTZ
你用DFT优化，哪能用MP2算ZPE，还得是相同级别做振动分析才行
Q:
之前奇怪的是我用DFT方法来算势垒，发现，逆向的为负，后来我就改用别的方法计算能量就用MP2 结果都正确了
那就是连TS计算都一起使用这个方法？意味着全部要重新计算吗？
但是我优化得到的TS 用的是DFT
A:
如果是电子能垒，逆向为负，明显漏了中间体
Q:
有一个疑问就是 TS以及做IRC分析时，都是以一种复合物存在，但是在算势垒时，我是把他们的反应物A.B分别计算能量相加。但是在IRC中，两端的物质时在一起出现。我觉得我肯定是哪里理解有错误。请老师指导@Sobereva
A:
当然得用复合物作为反应物和产物来算势垒
----------------------------------------------------
2016.05.14 20:12:12
Q:
问题是CCSD(t)的wfn不是不能用吗？所以才想用fcHK
A:
即便是fch，你做CCSD(T)得到的是HF轨道
本身高斯、GAMESS-US程序就不能产生CCSD(T)的自然轨道，和用什么格式记录波函数文件无关
Q:
就是根本不能获得ccsd(t)的密度信息了？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.05.14 20:43:18
Q:
PM6优化过渡态，出现9999，怎么加大圈数呢，默认是138圈
A:
加得越多越浪费人参
无数初学者的青春都浪费在maxcyc上了
Q:
想加到500圈，毕竟快啊，138次也就3分钟不到
A:
加多大都白搭！
不看优化曲线就加，是常识性错误
既然速度快，何不用真正更可能有效的calcall？
Q:
我试试，我主要是对PM6的用法很模糊，手册上说的也很少
A:
帮助解决不收敛的办法，半经验和从头算都一样
Q:
那就是说sob老师的那篇解决不收敛的帖子完全适用于半经验吧，
A:
y
----------------------------------------------------
2016.05.14 20:48:27
Q:
[url=http://item.jd.com/10028398029.html#comment]http://item.jd.com/10028398029.html#comment[/url] 麻烦各位，这个服务器跑跑高斯、MS，计算激发态什么的，能满足一般的需求吗？
谢谢了
A:
这种配置自己攒5000拿下
Q:
价格什么的都好说，老板让购买，肯定就图省事，，，就是想了解一下这个性能说得过去吧
A:
平庸
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2016.05.14 20:54:43
Q:
请问各位老师如何解决不收敛的问题
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
[url=http://sobereva.com/164]http://sobereva.com/164[/url]
解决SCF不收敛问题的方法
[url=http://sobereva.com/61]http://sobereva.com/61[/url]
----------------------------------------------------
2016.05.14 21:32:48
Q:
老师，使用赝势时，价电子用的基组大概是什么水平呢？一般说使用赝势比全电子基组计算量小，具体指的是多大的全电子基组呢？
A:
什么水平都有，由你定
和同级别的全电子基组比计算量更小
得拿具体实例说事
Q:
比如用SDD算Ti原子，比用6-31G*和6-311G*基组计算量比如何呢？
A:
你实际算一下，一看GTF数目就知道了
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