复合物的RMSD图波动太大

violet · 发表于 Post on 2021-1-22 16:47:08

我用NAMD跑了一个蛋白-RNA的复合物，时长为200ns,导入VMD用tradjectory tool分析得到的RMSD图如图所示，横坐标是轨迹的帧数，纵坐标是RMSD，途中的波动处就是RNA分子会突然的远离蛋白质，然后又突然的回来。已经查了，大概率因为周期性的原因，unwrap命令用了，但是这只是去除了周期性，并没有保证蛋白质和RNA一直作为一个整体在一起，应该还需要一个recenter的过程，（类似gromacs处理轨迹的操作，但是.dcd转gromacs文件会出错，还是需要先解决这个周期性的问题）。请教各位能否指点一二，非常感谢！

violet · 发表于 Post on 2021-1-22 16:48:07

横坐标是时间，不好意思，写错了

zjn · 发表于 Post on 2021-4-2 20:05:05

您好，请问您的问题解决了吗，我的体系跟您差不多，是DNA和蛋白，出现的问题和你几乎一样

violet · 发表于 Post on 2021-5-7 09:40:54

zjn 发表于 2021-4-2 20:05
您好，请问您的问题解决了吗，我的体系跟您差不多，是DNA和蛋白，出现的问题和你几乎一样

解决了，是PBC的问题，应该考虑中心化和去除周期性

panernie · 发表于 Post on 2021-5-7 13:50:04

楼上正解

namd学者 · 发表于 Post on 2021-10-29 15:14:48

violet 发表于 2021-5-7 09:40
解决了，是PBC的问题，应该考虑中心化和去除周期性

请问一下PBC文件中心化和去除周期性的操作具体怎么实现呢？

xjw · 发表于 Post on 2022-12-8 13:27:25

本帖最后由 xjw 于 2022-12-8 13:28 编辑

namd学者发表于 2021-10-29 15:14
请问一下PBC文件中心化和去除周期性的操作具体怎么实现呢？

xjw · 发表于 Post on 2022-12-8 13:28:12

panernie 发表于 2021-5-7 13:50
楼上正解

请问应该怎么处理呢

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[VMD] 复合物的RMSD图波动太大