求助：cif文件用vesta打开原子数量总是会多几个

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2025-5-13 16:22:12

各位大神，请问为啥用记事本打开的水的cif文件里面只有48个原子（第一个图），但是用vesta打开后却显示51个原子（第二张图），多了3个氢原子，这种情况是怎么回事啊？

Lin_Lazerva · 发表于 Post on 2025-5-13 17:07:56

这里的51 atoms指的是显示了51 个，是包含了在晶格外的氢，上面那一段最后一个标号是48对应的才是晶格内原子数

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2025-5-13 18:28:46

Lin_Lazerva 发表于 2025-5-13 17:07
这里的51 atoms指的是显示了51 个，是包含了在晶格外的氢，上面那一段最后一个标号是48对应的才是晶格内原 ...

请问这种情况需要去在意嘛？有没有什么办法就只要晶格里面的呢？如果按照这个去扩胞的话最后的模型也会有多出来的氢，就一直想要把这种情况给避免掉，请问该如何去解决这个问题呢？

Lin_Lazerva · 发表于 Post on 2025-5-14 11:05:30

本帖最后由 Lin_Lazerva 于 2025-5-14 11:08 编辑

悲观的乐观者发表于 2025-5-13 18:28
请问这种情况需要去在意嘛？有没有什么办法就只要晶格里面的呢？如果按照这个去扩胞的话最后的模型也会有 ...

可以在Bond设置里边把所有键的boundary mode 改成不搜索外部原子。如果是保存成cif文件的话应该不会有这个问题才对

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2025-5-16 09:19:47

Lin_Lazerva 发表于 2025-5-14 11:05
可以在Bond设置里边把所有键的boundary mode 改成不搜索外部原子。如果是保存成cif文件的话应该不会有这 ...

好的好的，我去试一下，谢谢您！！！

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