请问分子动力学数据怎么通过VMD计算最大键长偏差（MAXD）？

菜还不想动 · 发表于 Post on 2022-10-24 23:05:08

本帖最后由菜还不想动于 2022-10-25 14:46 编辑

我用MS计算的分子动力学，获得数据文件.xtd文件，这个该怎么去输出绘制MAXD需要的数据呢？那个计算公式该怎么写？就是像下面这个图类似的图片

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-25 01:00:31

提问时不要用不常见的缩写，MAXD别人都不知道你指什么

菜还不想动 · 发表于 Post on 2022-10-25 09:10:28

sobereva 发表于 2022-10-25 01:00
提问时不要用不常见的缩写，MAXD别人都不知道你指什么

老师，是maximum bond length deviation (MAXD)，这个该怎么输出？

菜还不想动 · 发表于 Post on 2022-10-25 14:04:35

您好，看到文献中分子动力学部分中有 maximum bond length deviation（MAXD）的图，我看了之前的一些回答，普遍是通过写Tcl脚本去找每一帧，目前我还不会编写脚本，求一个VMD统计MAXD信息的脚本？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-26 14:04:20

菜还不想动发表于 2022-10-25 14:04
您好，看到文献中分子动力学部分中有 maximum bond length deviation（MAXD）的图，我看了之前 ...

不会写就学
简单的分析脚本不会写的话做MD寸步难行，不可能遇到需要专一性的分析的时候总是恰好就能找到个现成的脚本
VMD轨迹分析脚本的编写在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有非常全面系统的讲解

lige826603209 · 发表于 Post on 2022-10-26 16:36:22

如果想统计的键数量比较少的话，可以手动把它设置进Set。

my @bondlength;
my $trajectory = $Documents{".xtd"}->Trajectory;
for (my $i=1; $i<=$trajectory->NumFrames; ++$i) {
my $frame = $trajectory->CurrentFrame = $i;
@bondlength[$i-1] = $trajectory->Set("yourbond")->Item->Length;
}

复制代码

然后对数组@bondlength里记录的键长进行操作。

菜还不想动 · 发表于 Post on 2022-10-27 09:38:58

lige826603209 发表于 2022-10-26 16:36
如果想统计的键数量比较少的话，可以手动把它设置进Set。

然后对数组@bondlength里记录的键长进行操作。

好的，感谢

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[Material Studio] 请问分子动力学数据怎么通过VMD计算最大键长偏差（MAXD）？

求一个VMD里计算每一帧最大键长偏差(MAXD)的脚本?

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