两个独立分子用化学键连接，怎么得到他们的拓扑

黄舒伟

望前辈们指教：
把CholTEG（下图中把3'C换成H）和核酸组合成这个形式cholTEG_nucleic：
怎么才能得到这个合成分子cholTEG_nucleic的拓扑用于GMX计算呢？
我核酸用的是amber14力场，cholTEG分子用了ambertools得到了bcc电荷。