团簇吸附在slab模型上的结构优化问题

DUNING · 发表于 Post on 2019-9-26 10:52:06

本帖最后由 DUNING 于 2019-9-26 10:55 编辑

建立了图中的模型，现在想做结构优化，第一个问题：团簇应该如何放在这个表面上？用哪个点/面去连接底下的slab？按理说应该是找一个能量最低的点，但是如何找到这个点呢？一点一点尝试肯定很麻烦吧？第二个问题：优化该模型的时候，是否应该只全优化原子不优化晶胞？

想发TOP · 发表于 Post on 2019-9-26 14:58:38

吸附在哪个位置一般是根据吸附能大小来判断的，按照表面原子的位置和配位数一般自己分为几种吸附位置去研究一下，我觉得你应该知道团簇中的哪种原子更容易被这个平面吸附吧

granvia · 发表于 Post on 2019-9-26 18:55:36

做个MD试试？

DUNING · 发表于 Post on 2019-9-27 11:46:01

granvia 发表于 2019-9-26 18:55
做个MD试试？

好的，我试一下

DUNING · 发表于 Post on 2019-9-27 11:46:57

本帖最后由 DUNING 于 2019-9-27 11:48 编辑

想发TOP 发表于 2019-9-26 14:58
吸附在哪个位置一般是根据吸附能大小来判断的，按照表面原子的位置和配位数一般自己分为几种吸附位置去研究 ...

因为团簇结构的对称性不是很高，按照这样的话，可以选择的吸附位置太多了。

想发TOP · 发表于 Post on 2019-9-27 15:07:37

DUNING 发表于 2019-9-27 11:46
因为团簇结构的对称性不是很高，按照这样的话，可以选择的吸附位置太多了。

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用 http://sobereva.com/159

钱慧璇 · 发表于 Post on 2020-2-3 21:06:49

能请教下您，图中下面部分的界面是用什么做的，用什么进行优化呢？

DUNING · 发表于 Post on 2020-2-21 18:22:41

钱慧璇发表于 2020-2-3 21:06
能请教下您，图中下面部分的界面是用什么做的，用什么进行优化呢？

下面的基底是用MS里的切面工具得到的，结构优化用的是PWMAT软件

钱慧璇 · 发表于 Post on 2020-2-26 12:36:44

DUNING 发表于 2020-2-21 18:22
下面的基底是用MS里的切面工具得到的，结构优化用的是PWMAT软件

感谢！！

pppppppppassion · 发表于 Post on 2022-10-25 09:38:25

请问这个问题你是怎么解决的呀？

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-10-25 11:20:22

pppppppppassion 发表于 2022-10-25 09:38
请问这个问题你是怎么解决的呀？

建议用构象搜索软件解决，而且主楼这个模型真空层给的太小了

pppppppppassion · 发表于 Post on 2022-10-25 18:14:40

Eudaimonia 发表于 2022-10-25 11:20
建议用构象搜索软件解决，而且主楼这个模型真空层给的太小了

请问有什么可用的构想搜索软件吗？可以搜索团簇在表面的稳定构象？我尝试过使用ABCluster，但是失败了，目前无法解决我的问题。也看到gentor可以进行分子构想搜索，但不知道适用不适用于金属团簇在表面的的构象搜索~希望老师可以回复一下，谢谢老师~

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[综合讨论] 团簇吸附在slab模型上的结构优化问题