如何知道动力学模拟之后的配体和蛋白质之间存在哪些分子作用力

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-10-10 22:12:43

各位老师，我想知道当我们对分子动力学模拟或者分子对接之后的结果进行分析的时候，如何确定存在哪些作用呢？有什么网站或者工具可以提供一个参考吗？如果是单纯靠一个个操作，把氢键、卤键····到pi-pi作用等都一个个找一遍感觉有些麻烦，想知道有什么方法可以快速或者辅助我们掌握分、原子之间存在的作用力吗？

wolf_ · 发表于 Post on 2024-10-10 22:27:53

用Schrodinger

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-10 23:18:45

本帖最后由 student0618 于 2024-10-10 23:39 编辑

免费的也有很多，如：
LigPlot+ (离线) https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/
PoseView server (在线服务器) https://proteins.plus/
PLIP (在线 + 离线版) https://plip-tool.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index

分析动力学轨迹时算各种作用随时间变化的方法更多，主流GROMACS、Amber等都有自己的工具，也可以用VMD、Plumed、各种Python脚本......

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[综合交流] 如何知道动力学模拟之后的配体和蛋白质之间存在哪些分子作用力