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[GROMACS] 不同的两条链体系得到的Disper-corr完全相同是怎么回事儿

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我的体系是10条糖链和水,10条糖链的组成完全相同,我把要计算的链单独提取出来rerun,不同的两条链体系得到的Disper-corr完全相同是怎么回事儿


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发表于 Post on 2024-9-3 14:09:27 | 只看该作者 Only view this author
Disper-corr是色散校正,是对于整体而言的,搞清楚是什么含义。跟特定组的根据LJ公式常规方式算的色散作用能完全是两码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-4 13:41:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-3 14:09
Disper-corr是色散校正,是对于整体而言的,搞清楚是什么含义。跟特定组的根据LJ公式常规方式算的色散作用 ...

老师您好,我想计算两条链之间的相互作用大小,我是将两条链的轨迹从模拟得到的轨迹里提取出来,另外得到这两条链的tpr,然后rerun得到的edr文件:

其中的LJ-(SR)+Disper.-corr.就是链1、链2这两条链体系的范德华力作用能,Coulomb-(SR)+Coul.-recip.就是静电相互作用能。再各自对链1、链2同样的操作,最后用12体系总的范德华力作用能减去链1的范德华力作用能再减去链2的范德华力作用能,结果就是链1与链2之间的范德华力作用能。
这样操作对吗


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发表于 Post on 2024-9-5 11:07:31 | 只看该作者 Only view this author
Sunca 发表于 2024-9-4 13:41
老师您好,我想计算两条链之间的相互作用大小,我是将两条链的轨迹从模拟得到的轨迹里提取出来,另外得到 ...

你如果了解计算原理就会知道,Disper.-corr.和Coul.-recip.都是对整个模拟体系而言的,没法分解成组之间的贡献
并且,做能量分解时不应当用PME、Ewald等牵扯到倒易空间部分计算的方法算静电作用(Coul.-recip.对应的就是倒易空间部分),因为这部分没法分解成组之间的贡献
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