空间分布函数图该怎么做

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-6-30 16:20:54

各位老师好，我是用Gromacs得到离子液体的ionicbox_GMX.gro 和 ionicbox_GMX.top文件后，利用gOpenMol软件来做空间分布函数图的，但是做的很垃圾。我想做一个阳离子周围，所有的阴离子的分布概率，从而得到阴阳离子的相对位置关系。可是我做的图中，阴离子一团一团的均匀的分布着，看不出来哪个位置多，哪个位置少。请问老师有什么好的方法利用Gromacs做出来可靠的空间分布函数图吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 00:40:54

参考
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14
Gromacs的g_spatial产生的格点文件分析工具gmxgrid v1.2
http://sobereva.com/38

你也要注意看看轨迹，是否本来当前体系中离子本来就没完全跑开（比如温度不够，没有真正达到液态，或者跑的时间太短，还没能充分扩散开），此时必然得到的是一团一团的，阴离子只能在初始位置附近运动。

wbn · 发表于 Post on 2016-7-1 01:59:19

你想做的是这种东西咩？

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-7-1 08:20:00

wbn 发表于 2016-7-1 01:59
你想做的是这种东西咩？

是的，是的！请问您这是怎么做的啊？能不能教教我？谢谢！谢谢！！

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-7-1 08:20:49

sobereva 发表于 2016-7-1 00:40
参考
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14

好的，谢谢老师

wbn · 发表于 Post on 2016-7-1 22:47:18

浅原问问发表于 2016-7-1 08:20
是的，是的！请问您这是怎么做的啊？能不能教教我？谢谢！谢谢！！

没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效果好。程序怎么安装看manual
这个程序输入蛮多的，需要注意的是输入文件以后analyze 项选择sdf，选择reference molecule 里三个原子注意要从一个rigid 结构里选，就是这三个原子之间不能有自由的相对位移。最后的结果是gaussian cube file, 可以用vmd做图，结果就是number density 的数值。你还有什么不懂得就在这问

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-7-2 09:50:40

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

好的，太感谢您了！我先试试。。。

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-7-4 16:13:26

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

老师，我用travis运行到选择 Continue with molecule recognition anyways (y/n)? [yes] 。选y以后，它就一直停在那里不动了，我等了三个多小时，后来强行关了以后看log，看到下面的提示，我又重新运行加了 -i 命令，结果又是停在那个界面不动了，麻烦您帮我看一下这该怎么解决吧，谢谢老师！

wbn · 发表于 Post on 2016-7-5 23:23:21

浅原问问发表于 2016-7-4 16:13
老师，我用travis运行到选择 Continue with molecule recognition anyways (y/n)? [yes] 。选y以后，它就 ...

molecular recognition 出问题了哎。你如果可以的话把pdb文件（只要一帧）和log文件传给我看一下，不行的话把log 之前的部分贴一下。

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-7-6 08:31:26

本帖最后由浅原问问于 2016-7-6 11:13 编辑

wbn 发表于 2016-7-5 谢谢老师！我又摸索之后现在可以做出图了，但是里面的阳离子一直调不出来。我的阳离子是1-乙基吡唑，我选择 reference molecule的时候选的是吡唑环上的两个N(N1，N2)和N间位的那个C(C3)。可是做出的图上总是显示不出来吡唑环，老师我把log传上来，您能不能帮我看看是不是我哪项参数选择错了？谢谢老师，辛苦您了！

wbn · 发表于 Post on 2016-7-7 07:39:44

浅原问问发表于 2016-7-6 08:31

程序会输出一个 .xyz 文件，是给你的reference 分子。把它同时也 load 进 vmd 就可以了

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-7-7 08:37:04

wbn 发表于 2016-7-7 07:39
程序会输出一个 .xyz 文件，是给你的reference 分子。把它同时也 load 进 vmd 就可以了

太感谢您了老师！现在已经做出来了，谢谢！

田小甜 · 发表于 Post on 2016-10-12 16:14:14

你好，我想问问你的空间分布函数选组的时候，中心分子组是只选一个分子呢，还是把所有研究对象作为一个中心分子组？

田小甜 · 发表于 Post on 2016-10-12 16:17:53

我按照网上做sdf的步骤，总是在第三步出错，就是下面移除中心分子转动和平动的一步。
3. 按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动
gmx_mpi trjconv -s md0.tpr -f md0_cnt.xtc -n sdf.ndx -o md0_cnt_fit.xtc -fit rot+trans
Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-10-14 09:47:57

田小甜发表于 2016-10-12 16:17
我按照网上做sdf的步骤，总是在第三步出错，就是下面移除中心分子转动和平动的一步。
3. 按中心分子对轨迹 ...

我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

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