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[GROMACS] 拉伸分子时报错water molecules can not be settled后暂停,实际应变才25%怎么解决

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本帖最后由 SheYilin 于 2022-11-1 08:05 编辑

大家好,gmx拉伸分子时跑到3836719步时,报错one or more water molecules can not be settled,系统提示是缩小timesteps,但实际上应变才达25%,目的是得到完整的应力-应变曲线,应该怎么解决呢,谢谢啦


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发表于 Post on 2022-11-1 05:29:35 | 只看该作者 Only view this author
较大的文本型文件一定要压缩后再上传,置顶的社员必读贴里说了

先用VMD看轨迹,判断有什么端倪
导致这种问题的原因在下面该说的都说了,结合实际模拟思考可能性
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 08:07:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-1 05:29
较大的文本型文件一定要压缩后再上传,置顶的社员必读贴里说了

先用VMD看轨迹,判断有什么端倪

已经改成压缩文件,谢谢sob老师帮助

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