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[GROMACS] 做小分子NVT的时候出错求助

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进行到NVT这部分了,然后报错如图,我用另一个配体跑没报错,也就是这个配体有问题,但不知道哪里有问题?如何解决问题?优化这个配体用什么?希望老师们赐教,谢谢。配体pdb在附件

202210312227534171..png (595.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202210312227534171..png

1I3JGS.pdb

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发表于 Post on 2022-11-1 05:26:01 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “NVT 小分子处理” 改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-1 05:26:42 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 14:38:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-1 05:26
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

你好,老师,想问下您有无单个小分子的动力学教程?我看官网是水中蛋白的,我想只跑一个小分子。

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发表于 Post on 2022-11-1 15:32:41 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-1 14:38
你好,老师,想问下您有无单个小分子的动力学教程?我看官网是水中蛋白的,我想只跑一个小分子。

把其它部分都去了就完了

如果对拓扑文件的概念一塌糊涂,连这都不知道怎么正确处理,建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)系统性学一遍,就全明白了
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