捐赠本论坛 (Donate this site)
开启辅助访问 切换到宽版

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 使用openbabel转换分子格式（mol2转mol2）发现苯环变成 ...
返回列表 Return 发新帖
Views: 2451|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[其它程序] 使用openbabel转换分子格式（mol2转mol2）发现苯环变成了六碳环，有人遇到过吗？

[复制链接 Copy URL]
yy_ds_yyds

11

帖子

0

威望

347

eV
积分
358

Level 3 能力者
跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
发表于 Post on 2022-11-2 20:10:13 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
使用openbabel转换分子格式（mol2转mol2）发现苯环变成了六碳环，有人遇到过吗？
转换前分子mol2
@<TRIPOS>MOLECULE
46215462
72 78 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
      1 N           8.1315    1.1278   -0.0736 N3      1  LIG1       -0.2994
      2 N           1.3373   -2.5750    0.0701 Npl     1  LIG1       -0.2824
      3 N          -2.0759   -2.1067    0.0353 Nar     1  LIG1       -0.1787
      4 N          -0.8665   -1.5289   -0.0238 Nar     1  LIG1       -0.1257
      5 N          -0.7040   -3.8002    0.1935 Nar     1  LIG1       -0.1798
      6 N          -5.5681   -1.2256   -0.0501 Nar     1  LIG1       -0.1469
      7 N          -4.4239   -1.9630    0.0193 Nar     1  LIG1       -0.1290
      8 N          -3.0743   -4.2354    0.2430 Npl     1  LIG1       -0.3273
      9 C           7.1926    0.9239    1.0196 C3      1  LIG1        0.0110
     10 C           9.3053    0.2614    0.0296 C3      1  LIG1       -0.0008
     11 C           8.6658    2.4891   -0.1042 C3      1  LIG1       -0.0008
     12 C           6.7998   -0.5575    1.1277 C3      1  LIG1       -0.0333
     13 C           5.9978    1.8815    0.8938 C3      1  LIG1       -0.0333
     14 C          10.2852    0.8987   -0.9444 C3      1  LIG1       -0.0390
     15 C           9.8672    2.3634   -1.0296 C3      1  LIG1       -0.0390
     16 C           6.0609   -1.1378   -0.0818 C3      1  LIG1       -0.0260
     17 C           5.1283    1.6973   -0.3532 C3      1  LIG1       -0.0260
     18 C           4.5949   -0.7819   -0.1053 Car     1  LIG1       -0.0424
     19 C           4.1571    0.5490   -0.2325 Car     1  LIG1       -0.0440
     20 C           3.6418   -1.8108   -0.0081 Car     1  LIG1       -0.0370
     21 C           2.7773    0.8171   -0.2587 Car     1  LIG1       -0.0566
     22 C           2.2768   -1.5285   -0.0329 Car     1  LIG1        0.0339
     23 C           1.8443   -0.2139   -0.1582 Car     1  LIG1       -0.0402
     24 C          -4.7234    3.0882    0.7761 C3      1  LIG1       -0.0450
     25 C          -4.2090    2.2852   -0.4228 C3      1  LIG1       -0.0252
     26 C          -5.9633    2.5323    1.4839 C3      1  LIG1       -0.0268
     27 C          -0.0711   -2.5958    0.0763 Car     1  LIG1        0.2407
     28 C          -4.2783    0.7927   -0.2407 Car     1  LIG1       -0.0161
     29 C          -7.0262    1.9986    0.5518 Car     1  LIG1       -0.0381
     30 C          -6.7998    0.8247   -0.2082 Car     1  LIG1        0.0056
     31 C          -5.5043    0.1231   -0.1720 Car     1  LIG1        0.0969
     32 C          -3.1157    0.0321   -0.1672 Car     1  LIG1       -0.0103
     33 C          -3.2343   -1.3356   -0.0362 Car     1  LIG1        0.1797
     34 C          -8.2634    2.6573    0.4707 Car     1  LIG1       -0.0579
     35 C          -7.8438    0.3417   -1.0182 Car     1  LIG1       -0.0522
     36 C          -1.9706   -3.4566    0.1643 Car     1  LIG1        0.2187
     37 C          -9.2781    2.1630   -0.3461 Car     1  LIG1       -0.0615
     38 C          -9.0700    1.0051   -1.0871 Car     1  LIG1       -0.0611
     39 H           7.6893    1.1747    1.9689 1       1  LIG1        0.0463
     40 H           9.1102   -0.7726   -0.2711 1       1  LIG1        0.0427
     41 H           9.7350    0.2665    1.0397 1       1  LIG1        0.0427
     42 H           8.9972    2.8254    0.8866 1       1  LIG1        0.0427
     43 H           7.9602    3.2205   -0.5099 1       1  LIG1        0.0427
     44 H           6.1708   -0.6797    2.0211 1       1  LIG1        0.0283
     45 H           7.6816   -1.1758    1.3340 1       1  LIG1        0.0283
     46 H           6.3412    2.9223    0.9307 1       1  LIG1        0.0283
     47 H           5.3698    1.7683    1.7889 1       1  LIG1        0.0283
     48 H          10.2093    0.4342   -1.9347 1       1  LIG1        0.0278
     49 H          11.3194    0.7916   -0.6017 1       1  LIG1        0.0278
     50 H          10.6780    3.0342   -0.7278 1       1  LIG1        0.0278
     51 H           9.5929    2.6105   -2.0620 1       1  LIG1        0.0278
     52 H           6.5246   -0.8401   -1.0293 1       1  LIG1        0.0314
     53 H           6.1633   -2.2300   -0.0391 1       1  LIG1        0.0314
     54 H           4.5646    2.6273   -0.5043 1       1  LIG1        0.0314
     55 H           5.7318    1.5735   -1.2598 1       1  LIG1        0.0314
     56 H           3.9741   -2.8428    0.0894 1       1  LIG1        0.0639
     57 H           2.4183    1.8391   -0.3576 1       1  LIG1        0.0621
     58 H           0.8040    0.0794   -0.1855 1       1  LIG1        0.0636
     59 H           1.7879   -3.4842    0.1558 1       1  LIG1        0.1551
     60 H          -3.9225    3.1752    1.5218 1       1  LIG1        0.0272
     61 H          -4.9293    4.1106    0.4339 1       1  LIG1        0.0272
     62 H          -4.7811    2.5515   -1.3218 1       1  LIG1        0.0314
     63 H          -3.1799    2.5990   -0.6395 1       1  LIG1        0.0314
     64 H          -6.3792    3.3183    2.1273 1       1  LIG1        0.0313
     65 H          -5.6720    1.7290    2.1741 1       1  LIG1        0.0313
     66 H          -2.1562    0.5375   -0.2198 1       1  LIG1        0.0659
     67 H          -8.4465    3.5585    1.0507 1       1  LIG1        0.0620
     68 H          -7.7066   -0.5551   -1.6194 1       1  LIG1        0.0624
     69 H         -10.2319    2.6795   -0.4004 1       1  LIG1        0.0618
     70 H          -9.8605    0.6177   -1.7234 1       1  LIG1        0.0618
     71 H          -4.0214   -3.8739    0.2118 1       1  LIG1        0.1452
     72 H          -2.9980   -5.2431    0.3397 1       1  LIG1        0.1452
@<TRIPOS>BOND
     1     1     9    1
     2     1    10    1
     3     1    11    1
     4     2    22    1
     5     2    27    1
     6     2    59    1
     7     3     4   ar
     8     3    33    1
     9     3    36   ar
    10     4    27   ar
    11     5    27   ar
    12     5    36   ar
    13     6     7   ar
    14     6    31   ar
    15     7    33   ar
    16     8    36    1
    17     8    71    1
    18     8    72    1
    19     9    12    1
    20     9    13    1
    21     9    39    1
    22    10    14    1
    23    10    40    1
    24    10    41    1
    25    11    15    1
    26    11    42    1
    27    11    43    1
    28    12    16    1
    29    12    44    1
    30    12    45    1
    31    13    17    1
    32    13    46    1
    33    13    47    1
    34    14    15    1
    35    14    48    1
    36    14    49    1
    37    15    50    1
    38    15    51    1
    39    16    18    1
    40    16    52    1
    41    16    53    1
    42    17    19    1
    43    17    54    1
    44    17    55    1
    45    18    19   ar
    46    18    20   ar
    47    19    21   ar
    48    20    22   ar
    49    20    56    1
    50    21    23   ar
    51    21    57    1
    52    22    23   ar
    53    23    58    1
    54    24    25    1
    55    24    26    1
    56    24    60    1
    57    24    61    1
    58    25    28    1
    59    25    62    1
    60    25    63    1
    61    26    29    1
    62    26    64    1
    63    26    65    1
    64    28    31   ar
    65    28    32   ar
    66    29    30   ar
    67    29    34   ar
    68    30    31    1
    69    30    35   ar
    70    32    33   ar
    71    32    66    1
    72    34    37   ar
    73    34    67    1
    74    35    38   ar
    75    35    68    1
    76    37    38   ar
    77    37    69    1
    78    38    70    1


转换后分子mol2
@<TRIPOS>MOLECULE
46215462
72 78 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
      1 N           8.1315    1.1278   -0.0736 N3      1  LIG11      -0.2994
      2 N           1.3373   -2.5750    0.0701 Npl     1  LIG11      -0.2824
      3 N          -2.0759   -2.1067    0.0353 Nar     1  LIG11      -0.1787
      4 N          -0.8665   -1.5289   -0.0238 Nar     1  LIG11      -0.1257
      5 N          -0.7040   -3.8002    0.1935 Nar     1  LIG11      -0.1798
      6 N          -5.5681   -1.2256   -0.0501 Nar     1  LIG11      -0.1469
      7 N          -4.4239   -1.9630    0.0193 Nar     1  LIG11      -0.1290
      8 N          -3.0743   -4.2354    0.2430 Npl     1  LIG11      -0.3273
      9 C           7.1926    0.9239    1.0196 C3      1  LIG11       0.0110
     10 C           9.3053    0.2614    0.0296 C3      1  LIG11      -0.0008
     11 C           8.6658    2.4891   -0.1042 C3      1  LIG11      -0.0008
     12 C           6.7998   -0.5575    1.1277 C3      1  LIG11      -0.0333
     13 C           5.9978    1.8815    0.8938 C3      1  LIG11      -0.0333
     14 C          10.2852    0.8987   -0.9444 C3      1  LIG11      -0.0390
     15 C           9.8672    2.3634   -1.0296 C3      1  LIG11      -0.0390
     16 C           6.0609   -1.1378   -0.0818 C3      1  LIG11      -0.0260
     17 C           5.1283    1.6973   -0.3532 C3      1  LIG11      -0.0260
     18 C           4.5949   -0.7819   -0.1053 Car     1  LIG11      -0.0424
     19 C           4.1571    0.5490   -0.2325 Car     1  LIG11      -0.0440
     20 C           3.6418   -1.8108   -0.0081 Car     1  LIG11      -0.0370
     21 C           2.7773    0.8171   -0.2587 Car     1  LIG11      -0.0566
     22 C           2.2768   -1.5285   -0.0329 Car     1  LIG11       0.0339
     23 C           1.8443   -0.2139   -0.1582 Car     1  LIG11      -0.0402
     24 C          -4.7234    3.0882    0.7761 C3      1  LIG11      -0.0450
     25 C          -4.2090    2.2852   -0.4228 C3      1  LIG11      -0.0252
     26 C          -5.9633    2.5323    1.4839 C3      1  LIG11      -0.0268
     27 C          -0.0711   -2.5958    0.0763 Car     1  LIG11       0.2407
     28 C          -4.2783    0.7927   -0.2407 Car     1  LIG11      -0.0161
     29 C          -7.0262    1.9986    0.5518 Car     1  LIG11      -0.0381
     30 C          -6.7998    0.8247   -0.2082 Car     1  LIG11       0.0056
     31 C          -5.5043    0.1231   -0.1720 Car     1  LIG11       0.0969
     32 C          -3.1157    0.0321   -0.1672 Car     1  LIG11      -0.0103
     33 C          -3.2343   -1.3356   -0.0362 Car     1  LIG11       0.1797
     34 C          -8.2634    2.6573    0.4707 Car     1  LIG11      -0.0579
     35 C          -7.8438    0.3417   -1.0182 Car     1  LIG11      -0.0522
     36 C          -1.9706   -3.4566    0.1643 Car     1  LIG11       0.2187
     37 C          -9.2781    2.1630   -0.3461 Car     1  LIG11      -0.0615
     38 C          -9.0700    1.0051   -1.0871 Car     1  LIG11      -0.0611
     39 H           7.6893    1.1747    1.9689 1       1  LIG11       0.0463
     40 H           9.1102   -0.7726   -0.2711 1       1  LIG11       0.0427
     41 H           9.7350    0.2665    1.0397 1       1  LIG11       0.0427
     42 H           8.9972    2.8254    0.8866 1       1  LIG11       0.0427
     43 H           7.9602    3.2205   -0.5099 1       1  LIG11       0.0427
     44 H           6.1708   -0.6797    2.0211 1       1  LIG11       0.0283
     45 H           7.6816   -1.1758    1.3340 1       1  LIG11       0.0283
     46 H           6.3412    2.9223    0.9307 1       1  LIG11       0.0283
     47 H           5.3698    1.7683    1.7889 1       1  LIG11       0.0283
     48 H          10.2093    0.4342   -1.9347 1       1  LIG11       0.0278
     49 H          11.3194    0.7916   -0.6017 1       1  LIG11       0.0278
     50 H          10.6780    3.0342   -0.7278 1       1  LIG11       0.0278
     51 H           9.5929    2.6105   -2.0620 1       1  LIG11       0.0278
     52 H           6.5246   -0.8401   -1.0293 1       1  LIG11       0.0314
     53 H           6.1633   -2.2300   -0.0391 1       1  LIG11       0.0314
     54 H           4.5646    2.6273   -0.5043 1       1  LIG11       0.0314
     55 H           5.7318    1.5735   -1.2598 1       1  LIG11       0.0314
     56 H           3.9741   -2.8428    0.0894 1       1  LIG11       0.0639
     57 H           2.4183    1.8391   -0.3576 1       1  LIG11       0.0621
     58 H           0.8040    0.0794   -0.1855 1       1  LIG11       0.0636
     59 H           1.7879   -3.4842    0.1558 1       1  LIG11       0.1551
     60 H          -3.9225    3.1752    1.5218 1       1  LIG11       0.0272
     61 H          -4.9293    4.1106    0.4339 1       1  LIG11       0.0272
     62 H          -4.7811    2.5515   -1.3218 1       1  LIG11       0.0314
     63 H          -3.1799    2.5990   -0.6395 1       1  LIG11       0.0314
     64 H          -6.3792    3.3183    2.1273 1       1  LIG11       0.0313
     65 H          -5.6720    1.7290    2.1741 1       1  LIG11       0.0313
     66 H          -2.1562    0.5375   -0.2198 1       1  LIG11       0.0659
     67 H          -8.4465    3.5585    1.0507 1       1  LIG11       0.0620
     68 H          -7.7066   -0.5551   -1.6194 1       1  LIG11       0.0624
     69 H         -10.2319    2.6795   -0.4004 1       1  LIG11       0.0618
     70 H          -9.8605    0.6177   -1.7234 1       1  LIG11       0.0618
     71 H          -4.0214   -3.8739    0.2118 1       1  LIG11       0.1452
     72 H          -2.9980   -5.2431    0.3397 1       1  LIG11       0.1452
@<TRIPOS>BOND
     1     1     9    1
     2     1    10    1
     3     1    11    1
     4     2    22    1
     5     2    27    1
     6     2    59    1
     7     3     4    1
     8     3    33    1
     9     3    36    1
    10     4    27    1
    11     5    27    1
    12     5    36    1
    13     6     7    1
    14     6    31    1
    15     7    33    1
    16     8    36    1
    17     8    71    1
    18     8    72    1
    19     9    12    1
    20     9    13    1
    21     9    39    1
    22    10    14    1
    23    10    40    1
    24    10    41    1
    25    11    15    1
    26    11    42    1
    27    11    43    1
    28    12    16    1
    29    12    44    1
    30    12    45    1
    31    13    17    1
    32    13    46    1
    33    13    47    1
    34    14    15    1
    35    14    48    1
    36    14    49    1
    37    15    50    1
    38    15    51    1
    39    16    18    1
    40    16    52    1
    41    16    53    1
    42    17    19    1
    43    17    54    1
    44    17    55    1
    45    18    19    1
    46    18    20    1
    47    19    21    1
    48    20    22    1
    49    20    56    1
    50    21    23    1
    51    21    57    1
    52    22    23    1
    53    23    58    1
    54    24    25    1
    55    24    26    1
    56    24    60    1
    57    24    61    1
    58    25    28    1
    59    25    62    1
    60    25    63    1
    61    26    29    1
    62    26    64    1
    63    26    65    1
    64    28    31    1
    65    28    32    1
    66    29    30    1
    67    29    34    1
    68    30    31    1
    69    30    35    1
    70    32    33    1
    71    32    66    1
    72    34    37    1
    73    34    67    1
    74    35    38    1
    75    35    68    1
    76    37    38    1
    77    37    69    1
    78    38    70    1
回复 Reply

举报 Report

sobereva

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长
2#
发表于 Post on 2022-11-3 09:12:22 | 只看该作者 Only view this author
mol2转mol2我没试过，如果是保证芳香环的判断，可以先转成pdb，然后pdb再转成mol2，到时候会自动判断
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序）
Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
回复 Reply

举报 Report

yy_ds_yyds

11

帖子

0

威望

347

eV
积分
358

Level 3 能力者
3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 14:47:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-3 09:12
mol2转mol2我没试过，如果是保证芳香环的判断，可以先转成pdb，然后pdb再转成mol2，到时候会自动判断

谢谢老师。我发现使用openbabel 2.4.1转换可以正常 但是使用2.3.2 却不行 可能是版本问题吧。
回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return 发新帖

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 22:03 , Processed in 0.176524 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list