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[Lammps] 使用lammps计算reaxff时,发现分子仅仅是连接成块,不符合化合价成键断键

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发表于 Post on 2022-10-19 22:21:58 | 只看该作者 Only view this author
看不懂你的意思。如果是期望的成键断键的反应没有发生,可能模拟条件不对,或者跑的时间不够等原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 17:33:44 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-10-27 02:16:51 | 只看该作者 Only view this author
看一帧的结构基本上得不到有用的信息

reaxff 基于键价的动态计算,没有固定的键结构,所以有时候会出现很奇怪的分子结构(比如+2价的C),可以认为是那一瞬间的过渡态结构(虽然实验上不一定有)

得用reaxff/bond 命令来统计一段时间内的基于cutoff计算的成断键信息才有说服力

而且很多反应在这个时间尺度上很难发生,得升温到很高温度,这又导致了这些奇怪结构出现的可能

以上只是我个人见解,如果有错误欢迎指正

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 14:14:36 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 11:36:01 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-10-28 14:57:10 | 只看该作者 Only view this author
是只出现一瞬间还是持续存在?C-F键的模拟键级很接近一吗

如果只是短时间出现属于是偏差,如果长时间出现且键级很高,那就是力场问题了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 20:24:47 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-10-28 23:25:34 | 只看该作者 Only view this author

找文献换一个力场或者自己拟合一个力场

但后者挺难的,我也不会

一般找一个和自己体系接近的力场

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-29 23:19:41 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-11-3 02:34:55 | 只看该作者 Only view this author
keyanxiaobai 发表于 2022-10-29 23:19
请问可以查找力场的网址有哪些呀

可以先看这个网页:

https://www.scm.com/doc/ReaxFF/Included_Forcefields.html

但可能没有最新的

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