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[GROMACS] 求助:用gmx_mpi traj怎么计算体系中每个CL离子的Z轴坐标变化?

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各位老师!

我模拟了一个膜蛋白,体系中有241个CL离子和211个钠离子,想用gmx_mpi traj指令计算每个钠、氯离子的z轴位置随时间的变化?

请问加什么选项可以计算每个钠、氯离子的z轴位置随时间的变化?

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发表于 Post on 2023-4-26 06:57:32 | 只看该作者 Only view this author
用VMD脚本,极其简单


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-3 16:19:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢卢老师解答!

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发表于 Post on 2024-1-23 19:15:47 | 只看该作者 Only view this author
不好意思打扰您,目前我也要计算离子Z轴位置随时间变化,想得到图像,请教您这个问题。
我也尝试过TCL脚本,但是没办法做到输出图像,请问您解决了吗?非常感谢您的解答!

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