用oniom做QMMM时候，提取键连接方式时出错

Emma_Zzz

请问一下，我在提取键的连接方式的过程中出现了图中提示，意思是找不到键的参数所以赋予了虚拟值吗？请问这个虚拟值可以用吗。然后我将这些键信息帖在了输入文件末尾，gjf文件如下
%chk=13E1.chk                                                                                             
%nprocshared=8                                                                                             
# p oniom(b3lyp/6-311G**:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3) test opt=quadmac            

remark line goes here                                                                                      

0 1 0 1 0 1                                                                                                
C-ca--0.136271                                            -1    4.74000000    8.42000000    0.17500000 L  
C-ca--0.217096                                            -1    5.21000000    7.46000000    1.07500000 L  
H-ha-0.191740                                             -1    4.46000000    6.94000000    1.67500000 L  
H-ha-0.143885                                             -1    3.67000000    8.56000000    0.05500000 L  
C-ca--0.095101                                            -1    5.57000000    9.28000000   -0.49500000 L  
H-ha-0.137482                                             -1    5.19000000   10.11000000   -1.07500000 L  
C-ca--0.235974                                            -1    6.96000000    9.13000000   -0.31500000 L  
H-ha-0.163227                                             -1    7.57000000    9.82000000   -0.88500000 L  
C-ca-0.068796                                             -1    7.48000000    8.17000000    0.53500000 L  
C-ca-0.048744                                             -1    8.89000000    7.92000000    0.66500000 L  
C-ca-0.081330                                             -1    9.36000000    6.92000000    1.53500000 L  
.

.
.
HrmBnd1   ca   cc   cf     0.0000     0.0000
HrmBnd1   ca   cc   cc    67.7000   111.0400
HrmBnd1   cc   cc   cf    65.6000   123.9200
HrmBnd1   cc   cf   ha    49.3000   119.1600
HrmBnd1   cc   cf   cd     0.0000     0.0000
HrmBnd1   cf   cd   ss     0.0000     0.0000
HrmBnd1   cf   cd   cc     0.0000     0.0000
HrmBnd1   ha   cf   cd     0.0000     0.0000
HrmBnd1   cd   ss   cd    67.0000    89.9100
HrmBnd1   cd   cc   ha    48.4000   122.8900
HrmBnd1   cd   cc   cc    68.2000   114.1900
HrmBnd1   ss   cd   cc    63.6000   118.1700
HrmBnd1   ss   cd   cd    63.8000   115.0200
HrmBnd1   cc   cc   ss    63.8000   115.0200
HrmBnd1   ha   cc   cc    46.6000   123.7400
HrmBnd1   cc   ss   cc    67.0000    89.9100
HrmBnd1   cc   cd   cd    68.2000   114.1900
HrmBnd1   ss   cc   cd    63.6000   118.1700
HrmBnd1   ss   cc   ca    64.9000   111.0900
HrmBnd1   cd   cd   c3    64.7000   115.9700
HrmBnd1   cd   c3   ca    65.2000   108.0800
HrmBnd1   cd   cc   ca    68.2000   113.5100
HrmBnd1   c3   cd   cc    64.8000   119.4500
HrmBnd1   c3   ca   ca    63.8000   120.6300
HrmBnd1   ca   c3   ca    63.6000   112.4700
HrmBnd1   ca   c3   hc    47.0000   110.1500
HrmBnd1   hc   c3   hc    39.4000   108.3500



最后Log文件的报错信息如下：

   1025          6        1000        1.160000   -3.250000  -19.235000                        
   1026          7    90000002        0.650000   -2.280000  -19.045000                        
   1027          6        1000        2.680000   -4.410000  -20.545000                        
   1028          7    90000002        3.260000   -4.390000  -21.515000                        
   1029          6    20001003        2.010000   -7.000000  -19.085000                        
   1030          6    20001003        1.130000   -7.950000  -18.645000                        
   1031          6    20001003        1.210000   -9.310000  -19.135000                        
   1032          6    20001003        0.180000  -10.260000  -18.925000                        
   1033          6    20001003        0.200000  -11.510000  -19.545000                        
   1034          6    20001003        1.220000  -11.890000  -20.385000                        
   1035          6    20001003        2.260000  -10.960000  -20.555000                        
   1036          1    20001033        3.050000  -11.280000  -21.235000                        
   1037          1    20001033        1.170000  -12.830000  -20.935000                        
   1038          1    20001033       -0.720000  -12.090000  -19.465000                        
   1039          1    20001033       -0.740000  -10.040000  -18.395000                        
   1040          6    20001003        2.330000   -9.690000  -19.915000                        
   1041          6    20001003        3.430000   -8.780000  -20.025000                        
   1042          6    20001003        3.280000   -7.420000  -19.465000                        
   1043          6    20001003        4.400000   -6.580000  -19.425000                        
   1044          1    20001033        4.310000   -5.550000  -19.075000                        
   1045          6    20001003        5.650000   -7.080000  -19.845000                        
   1046          1    20001033        6.490000   -6.390000  -19.905000                        
   1047          6    20001003        5.800000   -8.270000  -20.415000                        
   1048          1    20001033        6.750000   -8.600000  -20.805000                        
   1049          6    20001003        4.710000   -9.160000  -20.515000                        
   1050          1    20001033        4.850000  -10.140000  -20.945000                        
---------------------------------------------------------------------                        
Rotational constants (GHZ):      0.0006196      0.0003837      0.0003317                     
ONIOM: saving gridpoint 17                                                                    
ONIOM: generating point  3 -- low level on real system.                                       
Standard basis: Dummy (5D, 7F)                                                               
  1050 basis functions,  1050 primitive gaussians,  1050 cartesian basis functions            
   833 alpha electrons      833 beta electrons                                                
       nuclear repulsion energy     53619.7660872314 Hartrees.                                 
NAtoms= 1050 NActive= 1050 NUniq= 1050 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T            
Integral buffers will be    131072 words long.                                                
Raffenetti 1 integral format.                                                                 
Two-electron integral symmetry is turned off.                                                
AMBER calculation of energy and first derivatives.                                            
Atom I=    27 has type=        1000.                                                         
MMAtmC is confused about an atom type.                                                        
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/g09/G09E/g09e/l402.exe at Wed Jan  2 23:00:29 2019.  


请问究竟是哪一步做错了呢，怎样改进（新手不太懂望谅解）

柒月小鱼

我不太知道哈，我也是用好久的TAO感觉总是过不去
你这个有什么特殊的原子么，MMAtmC is confused about an atom type.  
我感觉TAO补的参数不一定完全合适，可以用AMBER自己对照着参数看看哈

Emma_Zzz

柒月小鱼 发表于 2019-1-18 09:59
我不太知道哈，我也是用好久的TAO感觉总是过不去
你这个有什么特殊的原子么，MMAtmC is confused about an ...

没有什么特殊原子啊，C,H,O,N,S。
Atom I=    27 has type=        1000.                                                         
MMAtmC is confused about an atom type.                                                   
根据这个报错信息，找到是氰基里面的碳原子有问题，但是不知道怎么改啊

柒月小鱼

Emma_Zzz 发表于 2019-1-21 09:14
没有什么特殊原子啊，C,H,O,N,S。
Atom I=    27 has type=        1000.                              ...

你用parmchk2输出所有的AMBER参数看看
然后对照着http://bbs.keinsci.com/thread-942-1-1.html
看看有没有收获，不管怎么样，告诉我下结果哈

SimoneSan

Hi,
Sorry I don't speak Chinese, so I'm writing here in english:

I'm trying to perform the ONIOM method for an enzymatic reaction: I've prepared all used TAO toolkit and Molup VMD tool (https://biosim.pt/molup/). All the parameters seems ok, the calculation begin but after few second give this kind of error:
"MMAtmC is confused about an atom type
Atom I=  4691 has type=        1000."

I don't know why Gaussian assign a strange code to the atom type of some of the carbon of my ligand
I'm attaching here the input and output I've obtained. https://easyupload.io/m/228w2z
Thank you