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[Molclus] molclus中isostat给20核后,运行仍然单核

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楼主
老师,您好,麻烦帮我看看。我采用molclus_1.9.9.9_Linux中isostat进行排序时想用并行,图1是我的命令,采用20核。图2是我top后看到的CPU使用情况,想问老师是否还需要其他操作?

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发表于 Post on 2022-11-8 12:50:07 | 只看该作者 Only view this author
确保isostat用的是目前molclus官网上最新版的。如果还这样,上传压缩后的xyz文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-8 15:53:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 哈哈 于 2022-11-8 15:56 编辑

我想看看小分子在腔洞内可能的构象,我截取了前六个构象给您,谢谢老师

isomers.rar

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发表于 Post on 2022-11-8 17:08:10 | 只看该作者 Only view this author
可以看看是不是别的软件在.bashrc里限制了并行数量,之前就被xtb整过一次

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-8 18:43:12 | 只看该作者 Only view this author
星纹c 发表于 2022-11-8 17:08
可以看看是不是别的软件在.bashrc里限制了并行数量,之前就被xtb整过一次

谢谢你 我xtb也给的20 两者给的一样的

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发表于 Post on 2022-11-9 13:13:28 | 只看该作者 Only view this author
哈哈 发表于 2022-11-8 15:53
我想看看小分子在腔洞内可能的构象,我截取了前六个构象给您,谢谢老师

就区区六个构象,根本没法测试并行情况

如果希望我回复,回我帖子的时候点击帖子下方的回复按钮,否则我收不到提示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 10:18:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-9 13:13
就区区六个构象,根本没法测试并行情况

如果希望我回复,回我帖子的时候点击帖子下方的回复按钮,否则 ...

好的 谢谢老师 200个行吗?

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发表于 Post on 2022-11-10 11:29:17 | 只看该作者 Only view this author
你这个已经不算是小分子的范畴了,而是小肽,并不是molclus和isostat的适用范畴
如果你想得到有代表性的结构,建议用GROMACS的gmx cluster命令对轨迹做簇分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 14:44:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-10 11:29
你这个已经不算是小分子的范畴了,而是小肽,并不是molclus和isostat的适用范畴
如果你想得到有代表性的结 ...

谢谢老师 我去试试

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